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* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 邻接法 Neighbor Joining。当所考虑的谱系间进化速率可变时，邻接法特别适用。邻接法能给出枝长最小平方估计的序列，即能最真实的反映序列间的真实距离。邻接法得到的进化树也是无根树. 最小进化法 Minimum Evolution。该方法和邻接法基本相似. 研究内容 在整个生物系谱中鉴定B7-H3基因； 分析各物种B7-H3基因结构，同时鉴定基因中的Ig结构域，并对特殊结构进行分析； 筛选代表性物种构建系统发育进化树，分析基因的起源与进化过程； 探讨该基因的表达调控模式及生物学功能。 * 实例应用：B7-H3 基因的鉴定及系统发育分析 * 结果 预测出的B7-H3基因（37个）： 物种 拉丁名 基因位置 Zebrafish(斑马鱼) Danio rerio Chromosome 18: 48,775,349-48,818,466 Tetraodon(金娃娃) Tetraodon nigroviridis Chromosome 5: 1,812,347-1,836,725 Fugu(河豚) Takifugu rubripes scaffold_418: 8,352-12,021 A_Lizard（绿色安乐蜥） Anolis carolinensis scaffold_622: 562,323-568,568 Zebra Finch(斑胸草雀) Taeniopygia guttata Chromosome Un: 149,977,673-149,978,041 Platypus(鸭嘴兽) Ornithorhynchus anatinus UltraContig Ultra321: 69,711-81,943 M_domestica（短尾负鼠） Monodelphis domestica Chromosome 1：20,749,051-20,760,567) Hyrax(蹄兔) Procavia capensis GeneScaffold_4741: 139,191-153,676 Sloth(树獭) Choloepus hoffmanni Genescaffold GeneScaffold_1502: 1,043-13,103 Armadillo(犰狳) Dasypus novemcinctus Genescaffold GeneScaffold_1358: 501-9,878 … … … 实例应用：B7-H3 基因的鉴定及系统发育分析 * species IgV1 IgC1 IgV2 IgC2 IgV1_Identity IgC2_Identity Rat 339 269 333 297 252/344 (73%) 190/253 (75%) Mouse 339 250 351 297 199/259 (76%) 198/277 (71%) Elephant 339 315 339 297 327/339 (96%) 291/293 (99%) G_pig 339 315 339 297 337/339 (99%) 285/295 (96%) Dog 339 315 339 297 334/339 (98%) 290/295 (98%) Cow 342 315 339 297 330/337 (97%) 293/295 (99%) Pig 348 315 339 297 323/341 (94%) 287/295 (97%) Macaque 339 315 339 297 328/339 (96%) 289/296 (97%) Orangutan 339 315 339 297 322/337 (95%) 287/296 (96%) Gorilla 339 315 339 297 323/339 (95%) 290/296 (97%) Chimpanzee 339 315 339 297 323/339 (95%) 290/296 (97%) Human 339 315 339 297 324/340 (95%) 292/296 (98%) 以Rat和Mouse为对照，4IgB7-H3（IgV1-IgC1-IgV2-IgC2）重复性结构域序列一致性分析 实例应用： B7-H3 基因的鉴定及系统发育分析 * species IgV1 Intron1 IgC1 Intron2 IgV2 Intron3 IgC2 Intron1-3_Identity G_pig（天竺鼠） 339 181 315 582 339 181 297 181/1
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