计算机在生命科学中应用第四次作业.docVIP

对硫矿硫化叶菌的一段未知功能蛋白的基因进行引物设计 实验目的：1.利用软件Vector NTI Explore 对硫矿硫化叶菌DNA序列进行酶切找到含目的基因的比较小的片段 2. 利用软件Vector NTI Explore进行引物设计引物 实验材料：Sulfolobus solfataricus P2（硫矿硫化叶菌）的一段DNA 序列。 实验原理： 1. 引物设计的原则： A 长度在18~35bp，GC含量在40%~60%之间，内部无发卡结构，Tm值最好接近72℃； B 引物之间避免形成二聚体； C 引物3’端和模板之间不应少于12个连续碱基相匹配； D 在模板基因内部不应有和引物对中任一条引物相似的片断；有时需要在引物的3’端加上适当的酶切位点。 E. 引物3′端不能选择A，最好选择T。 F. 引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。 引物的5′ 端决定着PCR产物的长度，引物5′ 端修饰包括：加酶切位点；标记生物素、荧光、地高辛、Eu3+等；引入蛋白质结合DNA序列；引入点突变、插入突变、缺失突变序列；引入启动子序列等 实验内容： 试验中用到古生菌的序列长12389bp，其中80-709bp是我们需要的未知功能蛋白质的基因序列，利用Vector NTI Explorer分析酶切位点，依次用 PStI、EcoRI和ClaI处理，在使用另一种酶处理之