模体发现问题综述分析.pptx

模体发现问题综述;内容概述;?;植入(l,d)模体发现问题的定义;挑战实例(Challenge Problem,2000) 在一组长度为600个氨基酸的序列组中，每条序列都包含了一个长度为15、不同位数为4的模式串，要求找出这个(15,4)模体。 该问题不适合用概率方法解决，需要用序列匹配的方法查找。;扩展植入(l,d)模体发现问题（EMP，2004） 给定t条长度为n的输入序列，其中每条序列包含长度为l的模体M的0个或多个植入(l,d)实例。要求在不知道长度l和植入实例位置的情况下，找出M。 ;模体词干搜索(motif stem search,2010) 模体词干是指一个长度为l的可能包含通配符的字符串，代表了一个候选模体集。假设DNA模体为A*GT，*代表一个通配符，那么候选模体有AAGT,ATGT,AGGT,ACGT。 MSS问题就是要找到一个模体词干集合，它包含了全部可能的(l,d)模体。;植入(l,d)模体发现算法介绍(2012);并行算法介绍;A hybrid method(2012);PMSPMR??法描述 给定t条定义于字符集{A, C, G, T}上的长度为n的DNA序列，即S={s1, s2, …, st}，以及长度为l字符串M和非负整数d，Bd(M)表示候选模体集，0≤d＜l＜n。 计算s1中所有长度为l的字串x，并将每条子串与s2到st中长度为l的字串y进行对比，若dH(x,y) ≤ 2d,则记录所有yi，最后，若Bd(M)中存在z，使得dH(z,yi) ≤ d，则yi记为模体M的实例。;PMSPMR算法描述;PMSPMR算法描述;;;;数据来源;;评价方法;模体发现问题的意义 数据划分，分割算法 算法并行化，提高运算速度