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实　验　报　告 实验三 DNA序列分析 姓名：　?? 高寒 ??　　　　　学号： 20094081105 　　　　 班级：　09级生物技术　　　日期：　5月7　　　 实验目的： 通过利用六框翻译在线工具ORF Finder 和基因预测程序GENESCAN学习序列分析的基本方法。 实验要求： 要求学生根据学习的相关知识和分析工具自行设计并完成感兴趣核酸序列的分析。 实验材料：（见作业） 工具软件： 1、VecScreen 2、RepeatMasker（/） 3、CpGPlot/CpGReport/Isochore (http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/) 4、Neural Network Promoter Prediction（/） 5、Splice Site Prediction (/seq_tools/splice.html) 6、ORF finder 7、GENSCAN 8、NEBcutter V2.0 9、Genefisher 10、Primer 3.0 11、REBASE ? ? 作业： 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。 AAGCTATGNACCTGNNTACGNAATTCGNNGCTCGGTGACCCGGGGNTCCTCTAGNGNTGGCCAGNGGACCCCAAGCTTCGGNTGCAGNTACACACACACACACACACACACACNTGGACCAGAAGAACCCCANGCTTCGGATCCCAAGATTTTACTCGTAGGGCTACCCATCACGCACACATATATACCCACACACACACACACACACACACACACACACACACATATGTGCCAGAGACCCCAAGCTTCGGATCAAAATCCGTTCAGTGAGTTTTTGCGTGAAAGAGTAACACACACCCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACNCACANNCACACACACACACACACANAGACACATGCTAGTGTATGATGGCCAGAGACCCCAAGCTTCGGATCCGGCTCGACACACACACACACACACAACACACACACAATCGTCGACCTGCNNGCATGCAAGCTTGGCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCTTGCAGCACATCCCCCTTTCGCCAGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCANCCTGAATGGCGAATGGCGCCTGANGCGGCATTTTCTCCTTACGCATCTGTGCGGNATTTCACACCGCATATGGTGCACTCTCAGTACAATCTGCTCTGATGCCGCATAGNTAAGNAGCCCCGACACCCGCCAACACCCGCTGACGCGCCCTGACGGGCCTTGTCTGCTCCCGGCATCCGNTTAAAGACAAGCTGTGACCGTCTCCCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGGTTTTNCCGNNNTCNCCTGAACGCGCNAGACGAAAGGGCCTNNNGAAACGCCNATTTTATGGGTTAAGG GooleVecscreen在搜索框中输入所需序列RUN，其他不变，view report，察看该序列相关信息： 长度：918aa 载体序列的区域：456-854 可能使用的克隆载体：pRKW2、pBR322、pGEM-13Zf(+)、M13mp18 ? ? 2、使用相应工具，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。 GTTTGGGGCCAGAGTGGGCGAGGCGCGGAGGTCTGGCCTATAAAGTAGTCGCGGAGACGGGGTGCTGGTTTGCGTCGTAGTCTCCTGCAGCGTCTGGGGTTTCCGTTGCAGTCCTCGGAACCAGGACCTCGGCGTGGCCTAGCGAGTTATGGCGACGAAGGCCGTGTGCGTGCTGAAGGGCGACGGCCCAGTGCAGGGCATCATCAATTTCGAGCAGAAGGAAAGTAATGGACCAGTGAAGGTGTGGGGAAGCATTAAAGGACTGACTGAAGGCCTGCATGGATTCCATGTTCATGAGTTTGGAGATAATACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG