蛋白质结构与功能预测概要.ppt

蛋白质结构与功能预测 张振旺 用Dense Alignment Surface（DAS）算法来预测无同源家族的蛋白跨膜区 蛋白质分析 1、基本分析AACompIdent：http://www.expasy.ch/tools/aacomp/，氨基酸组成分析。AACompSim：http://www.expasy.ch/tools/aacsim/?，通过比较分析的办法，来预测分析氨基酸的组成。Compute PI/MW：http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html?（等电点、分子量分析）。ProtParam：tp://www.expasy.ch/tools/protparam.html“http://www.expasy.ch/tools/protparam.html?（等电点分析、氨基酸组成、原子组成、消光系数、半衰期、不稳定系数、脂肪系数、亲水性等）。 SAPS (Statistical Analysis of Protein Sequences)：http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html?，蛋白质序列统计分析，该程序由Samuel Karlin小组编写，用于统计分析蛋白质的显著性特征，如重复序列、疏水区 (hydrophobic regions)、组成成分（compositional domains）、电荷群（charge-clusters）等。Peptidemass：http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html，酶切分析、肽段分析、等电点统计、蛋白质质量统计、翻译后剪辑预测，能突出相关肽段、多态性和剪接变异体等。PROPSEARCH：rs.fr/propsearch/，以忽略氨基酸序列比对的方式，使用残基替换法，侦测序列相似性低于25%以下的蛋白质，以发现新的、可能存在的蛋白质。此外，该程序还综合考虑了分子量、疏水性、大残基（bulky residues）等因素。 2、序列比对 蛋白质序列比对主要分为数据库查询比对(蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸）、两两序列比对、多序列比对等形式。不过，其核心程序还是采用blastp。根据不同的目的和比对结果要求，blastp程序经过修正和改写，可形成PSI-blastp、PHI-blastp等形式。 标准的blastp用于找到序列或者结构上的相似性，而PSI-balstp（位点特异性蛋白质比对），这是一种高灵敏的Blastp程序，主要用于发现远亲物种间的相似蛋白或搜寻蛋白家族的新成员。因此，当标准Blastp程序不得到合理的比对结果，或者比对结果仅显示为假蛋白（hypothetical protein）或推测性蛋白时（similar to…），可使用PSI-balstp试试。PHI-BLASTp则主要用于使用迭代BLAST来查询蛋白质数据库，以找出查询序列中含有的特殊模式对齐方式。 2.1在线的balstp程序： NCBI-BLASTp?SIB BLAST Network Service?多序列比对：http://align.genome.jp/ 2.2 针对专门物种的blastp程序： 低等生物（病毒、细菌等）：微生物：高等生物（昆虫、植物、动物等）：血吸虫:(S. japonicum):?/sj-proteome/blastp.htm?水稻： 3、疏水性分析 ProtScale：/cgi-bin/protscale.pl，这个工具可用来计算蛋白质的疏水性图谱，能计算蛋白质50余种不同属性，并可为每一种氨基酸输出相应的分值。在预测时，调整计算窗口的大小（n），从而可以估算每种氨基酸残基的平均显示尺度。Bioedit（单机版）：这个工具亦可进行疏水性的计算。 4、跨膜、螺旋区分析 蛋白质序列跨膜螺旋区：这个区域主要作为膜受体起作用，或者预示也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。跨膜、螺旋区的方法，最简单直接的方法是观察疏水性氨基酸残基的分布区域。但是，精确的预测，需要借助相应程序。 Tmbase：/pages/services.html?TMPRED (Prediction of transmembrane regions)：/software/TMPRED_form.html?PHDhtm：http://www.embl-heidelberg.de/se?… tprotein.htmlMEMSAT：ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk/?（单机版） 卷曲螺旋分析 coiled-coil：http://www.york.ac.u