微生物的分子分类技术方案.pptx

分子微生物学;分子微生物学; 从分子水平上认识微生物个体和微生物群体;分子微生物学—各章节内容和重点 ;分子微生物学—各章节重点 ;第一章 微生物的分子分类、鉴定与命名;主要内容;细菌分类研究历史;细菌分类的依据和方法;七级分类单元;经典分类鉴定依据;典型的微生物菌落特征;半固体培养基;硫粒、异染颗粒、伴孢晶体、PHB、气泡等;球菌，有鞭毛;微生物合成的纳米钯（胞外）;Electrochemical active biofilm in-suit synthesize Pd;鞭毛泳动、滑行、螺旋体运动方式;;碳源利用：对多种单糖、双糖、多糖、醇类、有机酸等的利用 氮源利用：对蛋白质、蛋白胨、氨基酸、含氮无机盐、N2等的利用 代谢产物测定：是否产酸产气、是否分解色氨酸产酸吲哚、是否分 解糖类、能否进行硝酸盐还原 牛乳鉴定;氧的要求：好氧、微好氧、厌氧及兼性厌氧 温度的适应性：最低、最适、最高、产物积累温度、致死温度 pH的适应性：在一定pH条件下的生长能力及生长的pH范围（肠道细菌较宽；血液寄生微生物较窄，因循环系统pH一般稳定在7.3） 与宿主关系：共生、寄生、致病性等;细菌细胞和病毒等都含有抗原性物质，不同微生物的抗原性物质结构不同，抗原特征也不同。常借助特异性血清学反应来确定未知菌种、亚种或菌株;凝集反应;在原核生物中已普遍发现相应种类的噬菌体。噬菌体对宿主的感染和裂解作用具有高度的特异性，根据宿主范围可将细菌分为不同噬菌型，并利用噬菌体裂解作用的特异性进行细菌鉴定;噬菌体与宿主菌的关系具有高度特异性，即一种噬菌体只能裂解一种和它相应的细菌，因此可用于未知细菌的鉴定和分型;API细菌数值鉴定系统: Analytab Products Inc. 的缩写，如法国生物-梅里埃集团的API/ATB，有750种反应，可鉴定几乎所有常见细菌 Enterotube系统：可进行葡萄糖产酸产气、赖氨酸和鸟氨酸脱羧酶等15种试验 Biolog全自动细菌鉴定系统：美国Biolog公司开发，可鉴定细菌、酵母、真菌在内的2000多种微生物 优点：微量、操作简便、快速或自动化鉴定技术;API细菌数值鉴定系统: 分隔室由相连通的小管和小杯组成，各小管中含不同的脱水培养基、试剂，或底物等，每一分隔室可进行一种生化反应，个别分隔室可进行两种反应;API细菌数值鉴定系统;Enterotube系统：鉴定卡是由带有12个分隔室的一根塑料管组成，每个分隔室内装有不同的培养基琼脂斜面，能检验微生物的15种生理生化反应，一根接种丝穿过全部分隔室的各种培养基，并在塑料管的两端突出，被两个塑料帽盖着 ;Enterotube系统;Biolog全自动细菌鉴定系统：不同细菌会利用不同种类的碳源（或氮源）进行新陈代谢，在反应体系中加入指示剂（TTC，无色的氧化型转变为紫色的还原型），根据反应的阴阳性得到某一细菌的反应图谱;第一步：制备菌悬液;DNA的碱基组成（G+C mol%）;G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定;16SrRNA寡核苷酸序列分析 原核生物细胞中16S rRNA 的碱基序列十分保守，基本不受其所处环境条件、营养物质丰缺的影响，可以看作生物进化的时间标尺。因此，分析原核生物细胞中的16S rRNA 的碱基序列，比较所分析的微生物与其他微生物种之间16S rRNA序列的同源性，可以揭示出它们亲缘关系的距离和系统发育地位;全基因组序列测定;S2-+2.4NO3-+1.25CH3COO-+0.95H2O? S0 +2.5CO2+ 2N2 +5.65OH- ;KOG category ;Comparison of scaffolds structure and syntenic blocks of X2 with Pseudomonas Aeruginosa genomes;Comparison of scaffolds structure and syntenic blocks of X2 with Pseudomonas caeni genomes;;模式株X2 与Pseudomonas caeni.全基因组比较;Kim M. Handley, et al. The complete genome sequence for putative H2- and S-oxidizer Candidatus Sulfuricurvum sp., assembled de novo from an aquifer-derived metagenome, 2014, Environmental Microbiology.;核酸的分子杂交 (hybridization);核酸分子杂交 (hybridization);N. J.p