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生物化学 第一章 蛋白质化学 1.2 氨基酸 1.蛋白质氨基酸的一般结构特征： （1）20种氨基酸中除脯氨酸外其他均为氨基酸 （2）蛋白质中氨基酸均为L型 （3）手性药物的研制 2.蛋白质AA的分类： （1）非极性R基9种：均为中性、疏水R基AA （2）极性R基11种：均为亲水；不带电荷6种，中性AA；带负电荷2种，酸性天冬氨酸和谷氨酸 AA；带正电荷3种，碱性赖氨酸、精氨酸和谷氨酸 AA *芳香族AA：Phe,Tyr,Trp 3.稀有氨基酸： 硒半胱氨酸；吡咯赖氨酸 4.性质： （1）光吸收特性：Phe、Tyr、Trp最接近280 可吸收紫外光，特征吸收波长280nm，可据此测定氨基酸和蛋白质含量（紫外吸收法） （2）两性解离：所以AA都有碱性NH3和酸性COOH，因此AA是一种两性电解质，具有两性解离特性。晶体状态时，氨基酸以两性离子（分子内盐）存在，在水中解离分2步 （3）等电点：氨基酸主要以两性离子形式存在时，所带正负电荷数相等，净电荷等于0因此可以用等电聚焦法分离氨基酸、蛋白质 ，外电场作用下既不向正极移动也不向负极移动。此时溶液的PH称为等电点（pI）。 5.反应： （1）Sanger反应：a-氨基和DNFB反应 （2）edman反应：a-氨基和PITC反应 （3）茚三酮反应：除脯氨酸显黄色，其他显紫色 1.3 肽 1.概念：氨基酸分子间通过脱去一份子水相连的链状化合物 10:寡肽 ；10 50：多肽 50：蛋白质 2.肽键：较稳定（刚性）的平面结构；多肽链是许多肽键平面相间排列的结构，锯齿状伸展 3.肽的书写：从N端开始 4.性质：Sanger、Edman、茚三酮、双缩脲反应（肽键=2） 5.天然多肽 （1）结构特点：分子中大多含非蛋白质AA （2）意义：在生物机体中有重要意义。eg谷胱甘肽是重要还原剂，参与氧还，做辅酶 1.4蛋白质的结构 一、一级结构（共价）： 1.概念：多肽链中AA的排列顺序 2.AA连接方式：肽键、二硫键（链间、链内） 二、三维结构 1.概念： 蛋白质的紧密折叠结构，包括多肽链主链的折叠和主链折叠基础上蛋白质分子的进一步折叠 2.主链折叠的空间限制：二面角 （1）肽单位：多肽链中一个aC到相邻aC之间的结构 （2）肽平面：组成肽单位的6个原子形成的酰氨平面（2个aC反式更稳定） （3）二面角：主链上由aC连接的2个键，绕Cα-N键轴旋转的角度称为φ，绕Cα-C键轴旋转的角度称ψ。同一个Cα的φ和ψ就称为该Cα的二面角（扭角） *肽平面是肽链折叠盘绕的基本单位，是蛋白质形成各种立体构象的根本原因 三、二级结构： 1.概念：多肽链主链的折叠方式 常见有α—螺旋（主要），β—折叠（其次），β—转角，310螺旋，β—凸起，环和无规卷曲等。前三种为二级结构的主要形式。 2. α—螺旋： （1）结构特点：右手螺旋；肽链构成螺旋骨架，R基在外侧；每个肽键参与氢键形成； 氢键方向平行于螺旋纵轴 （2）稳定力：氢键 3. β—折叠： （1）结构特点：肽链锯齿状伸展，相邻两链以相反较稳定 或相同方向平行排列成片状； R基位于片层2侧；主要为链间氢键；氢键方向与肽链长轴近于垂直 （2）稳定力：氢键 4. β—转角：含4个AA，发夹状；稳定力为氢键 5.环、无规卷曲： *结构稳定性上，α—螺旋（主要），β—折叠（其次），β—转角，环和无规卷曲递减； 但功能上相反，后2者常充当蛋白质功能，前2者起支持作用 6.超二级结构（模体）：由若干相邻二级结构元件组合在一起，彼此相互作用，形成有规则的二级结构聚合体 *超二级结构常以整体参与多肽链的三维折叠 7.结构域（辖区）：多肽链在二级结构或超二级结构基础上折叠形成的相对独立有一定功能的紧密球状实体。 *结构域间由肽链相连 四、三级结构： 1.概念：多肽链在二级结构基础上，通过侧链间相互作用，经进一步折叠、卷曲形成的近似 球形的紧密结构。包括多肽链中一切原子的空间排列方式。 2.特点：分子中含多种二级结构元件，有明显的折叠层次，为紧密球状或椭球状实体； 亲水R基在分子表面，疏水R基则位于分子内部； 分子表面常有疏水空穴，为结合底物、效应物等配体的活性部位 3.稳定力：疏水相互作用主要，包括范德华力、静电力、氢键、配位键、二硫键等 EG：肌红蛋白 五、四级结构： 1.概念：由2条及以上具三级结构的多肽链非共价结合在一起形成的致密空间结构，每条肽链称为一个亚基 2.特点：（1）亚基间非共价结合（无二硫键） （2）亚基数为偶数，排列有对称性 （3）亚基有协