生物化学蛋白质剖析.ppt

(二) 氨基酸序列规定蛋白质的三维结构 (三) 蛋白质折叠的热力学 (四) 蛋白质折叠的动力学 1.折叠不是随机搜索的过程。 2.折叠时先形成局部二级结构，再形成结构域,熔球态，最后形成完整的三级结构。 3.折叠时二硫键异构酶和肽基脯氨酸异构酶起重要作用。 4.分子伴侣在折叠时有重要作用，主要是防止肽链的错误折叠.。 1.二级结构的预测 参照表5-6,按Pi=Ai(被计算的氨基酸残基处于某一二级结构的份数）/Ti (肽链中的各种氨基酸残基处于某一二级结构的份数）的计算值预测, Pi大于1表示该氨基酸残基倾向于形成所预测的二级结构，Pi小于1表示该氨基酸残基倾向于形成其他构象。 2.三级结构的预测和计算机模拟 原理复杂，已由一些成功的例证。 (五) 蛋白质结构的预测 十、亚基缔合和四级结构 (一) 有关四级结构的一些概念 亚基(单体)，同多聚，杂多聚 (二) 四级缔合的驱动力 主要有范氏作用力，氢键，离子键和疏水作用力，其中疏水作用力最为重要，二硫键对于稳定四级结构有重要意义。 (三) 亚基相互作用的方式 亚基之间的分布有各种各样的对称关系。 (五) 四级缔合在结构和功能上的优越性 1.增强结构稳定性; 2.提高遗传的经济性和效率; 3.构成功能部位; 4.为别构效应提供结构基础. 基本要求 1.熟悉研究蛋白质构象的主要方法。 2.掌握稳定蛋白质三级结构的作用力。 3.熟悉多肽主链折叠的空间限制。 4.掌握蛋白质的二级结构。 5.熟悉主要的纤维状蛋白质的结构特点。 6.掌握超二级结构和结构域含义，熟悉其结构特点。 7.掌握球状蛋白质的三级结构的特征。 8.熟悉膜蛋白的结构特点。 9.掌握蛋白质的变性和复性，了解蛋白质折叠的动力学、热力学和结构预测。 10.熟悉蛋白质四级结构的特点。 * * * * * * * * * * * * * * (二) 丝心蛋白和其他β-角蛋白：β折叠片蛋白质 (三) 胶原蛋白 (四) 弹性蛋白 1.弹性蛋白最重要的特性是富有弹性。 2.弹性蛋白不含羟赖氨酸，不被糖基化，不能形成胶原蛋白那样的超螺旋。 3.弹性蛋白的一种交联方式是通过羟赖氨酸正亮氨酸衍生物交联。 4.弹性蛋白的另一种交联方式是赖氨酸的侧链氧化脱氨基生成醛基，三个醛基和一个未修饰的赖氨酸的侧链形成锁链素和异锁链素，使多条弹性蛋白链交联成肽链网。 5.弹性蛋白的肽链形成多种多样的无规卷曲，有张力时，卷曲被拉伸，张力去除后又复原。 六、超二级结构和结构域 (一) 超二级结构（基序－motif） (二) 结构域 七、球状蛋白质与三级结构  (一) 球状蛋白质的分类 : 1.反平行α螺旋 2.α /β-结构 3.全β-结构 4.富含金属或二硫键的蛋白质 胰岛素 磷脂酶A2 高氧还势铁蛋白 铁氧还蛋白 (二) 球状蛋白质三维结构的特征 1.含多种二级结构元件; 2.具有明显的折叠层次; 3.球蛋白分子是紧密近似球状的实体; 4.疏水侧链在分子内部,亲水侧链在分子表面; 5.分子表面有空穴,是结合底物,效应物等配体,行使生物学功能的活性部位,空穴通常是一个疏水的区域。 八、膜蛋白的结构 1.具有单个跨膜肽段的膜蛋白 2.具有7个跨膜肽段的膜蛋白 3. β桶型膜蛋白-膜孔蛋白 (二) 脂锚定膜蛋白 疱症性口炎糖蛋白 甲状腺球蛋白 乙酰胆碱酯酶 糖脂A * 九、蛋白质折叠和结构预测 (一) 蛋白质的变性 1.变性蛋白质的特点: 空间结构破坏，一级结构完好；活性丧失；溶解度降低；易分解。 2.引起变性的因素: 加热、辐射、高压等物理因素；有机溶剂、酸、碱、尿素等化学因素。 3.变性的协同性: 变性发生在较窄的范围内。 4.复性: 一定条件下可以恢复活性。 N 末端分析，FDNB得到：Asp-; C末端分析 ，羧肽酶法得：Val-; 胰蛋白酶只断裂K或R 形成的肽键，得到的是以K或R为C末端残基的肽段，酸水解时Asn水解成Asp和NH4+，Asn( )( )( )Lys( )( )Val; FDNB法分析 N末端得DNP-His，酸水解使Gln水解成Glu和NH4+; Asn( )( )( )Lys(His )(Gln )Val; 糜蛋白酶断裂疏水氨基酸残基的羧基端肽键， Asn( Ala)(Tyr )(Glu )Lys(His )(Gln )Val; 第5章 蛋白质的三维结构 一、稳定蛋白质三维结构的作用力 （一）氢键 （二）范德华力 定向效应