热力学动力学计算化学软件安装解读.docxVIP

热力学、动力学、计算化学软件安装总结 预 软件安装 Gaussian View5.0的安装 找到压缩文件解压后出现； 点击打开看到； 打开“SETUP.EXE”文件启动安装程序；出现下图，依次点击红色选项； 填写“serial”（打开左侧文件复制粘贴即可），继续“next”； 出现下图选择安装路径，继续“next”；“next”；“next”；“intall” 点击“intall”； 出现下图，点击“finish”完成安装。 Gaussian 09w的安装 找到对应文件解压看到； 打开文件看到； 点击“setup.exe”启动安装程序； 点击上图“Next”下一步看到下图；打开复制粘贴到“Serial”继续“Next”； 选择安装路径点击“Next”如下图； 点击“Intall”安装程序，出现下图； 点击“Next”完成安装并选择“Scratch”文件的存放位置如下图（直接点击确定即可）； UltraEdit的安装 找到对应文件解压后如图； 打开后找到“.exe”文件点击启动安装程序如下图； 点击“下一步”； 选择“我同意许可协议中的条款” 继续“下一步”； 选择安装路径后点击“下一步”如下图； 点击“安装”完成安装。 软件注册，点击“注册程序”； 找到文件打开任选一个填写后点击“确定”； 弹出提示框点击“确定”； 再次打开就会看到注册成功提示框！ ChemOffice-2010的安装 找到ChemOffice压缩包，解压后如图； 首先点击dotnetfx2.0.exe完成安装； 完成安装后点击CambridgeSoft_ChemBioOffice_Ultra_2010.msi启动安装程序； 到此程序已安装成功，现在打开找到注册表应用扩展程序，复制； 打开ChemOffice-2010安装的文件夹打开“Common”文件夹，打开“DLLs”文件夹，将刚才复制的文件粘贴，即安装完成。  计算化学及软件使用 反应动力学计算流程 判断一个反应能否发生(热力学范畴) 计算一个反应中每种物质的几何构形（键长、键角、频率），并与标准数值进行比较（误差不超过5%时则认为比较准确）。 计算每种物质的能量，看反应的吉布斯自由能（ΔG）的正负。 寻找反应发生时的反应机理(动力学范畴) 过渡态（TS）:化学反应的本质是旧键的断裂和新键的形成。在这个过程中会牵扯到一个旧键将要断裂，而一个新键将要形成时的一个状态，这个状态叫做过渡态（TS）。 通过内禀反应坐标（IRC）联系反应物或者生成物。（reverce连接到生成物，forward连接到反应物）。 反应速率常数（动力学范畴） 计算单位转化 1 ?=0.1 nm=10-10 m 1 HF=2625.51 KJ?mol-1 = 627.51Kcal?mol-1 1Kcal=4.184013KJ Hartree-Fock方程又简称为HF方程是一个应用变分法计算多电子体系波函数的方程,是量子化学中最重要的方程之一,基于分子轨道理论的所有量子化学计算方法都是以HF方程为基础的,鉴于分子轨道理论在现代量子化学中的广泛应用,HF方程可以被称作现代量子化学的基石. 方程的形式为： f(1)χa(1) = εaχa(1) 其中f(1)为Fock算子,χa(1)为体系的分子轨道,εa是分子轨道χa(1)的轨道能. GaussianView5.0的使用 “File”菜单栏中的使用 1）.“New”→ “Creat Molecule Group”建立一个新定的文件。 2）.“Open”打开已有的输入或输出文件。 3）.“recent file”记录最近的文件输出和输入路径。 4）.“save”保存文件，格式为“.gjf”或“.com”。 5）.“Preference”单击出现对话框。“Colors”中第一行设置背景颜色；“Element colrs”查看或改变元素周期表中每个元素的代表颜色或改变颜色。 “Edit”菜单栏中的使用 1）.???updo”撤销操作。 2）.“cut”剪切。 3）.“copy”复制。 4）.“paste”粘贴。 5）.“atom list…”出现如图一，图二的示例。 “Tag”为原子的序号，“Symbol”为元素符号。 如:第四行Tag=4,NA=1,NB=2,NC=3;“第几行即表示tag下的竖着第几个元素” （1）.Tag=4,NA=1,即第四行的元素与第一行的元素形成的键长=1.1171462（Bond键长） （2）.Tag=4.NA=1，NB=2。即第四行元素与第一行和第二行元素所形成的键角=110.7248351（Angle键角）。 （3）.Tag=4.NA=1，NB=2