基因结构及基因组学(植物基因工程)解说.ppt

DNA酶保护实验 * 增强子与启动子的区别？ 距离、方向、上下游、没有也可转录 增强子的作用机理？ * * * 线粒体基因母系遗传，雄性不育，杂交水稻 * * * * * * 1.原核,简单的基因结构 2.真核 3.微生物，原核生物基因组 启动子区中CpG岛的未甲基化状态是基因转录所必需的，而CpG序列中的C的甲基化可导致基因转录被抑制。以往的研究证明启动子区的高甲基化导致抑癌基因失活是人类肿瘤所具有的共同特征之一，而且这种高甲基化是导致抑癌基因失活的又一个机制。 * * * * * * * * http://splicenest.molgen.mpg.de :人，果蝇，拟南芥 转录前：甲基化 转录：启动子、增强子、蛋白DNA互作、激素诱导、选择性启动子 （四）翻译水平的调控 在真核生物中，基因表达的调控主要发生在转录水平上，但是，翻译水平的调控也是十分重要的。 阻遏蛋白与mRNA结合，可以阻止蛋白质的翻译。 铁蛋白的功能是在细胞内贮存铁。铁蛋白mRNA的翻译取决于铁的供应。铁供应充足，则铁蛋白合成就多。当细胞中没有铁时，阻遏蛋白与铁蛋白mRNA结合，阻止翻译的进行。当细胞中有铁存在时，阻遏蛋白就不与铁蛋白mRNA结合，使翻译得以进行。 翻译后：折叠、切割、化学修饰 * 长片段双链RNA的来源 RISC由内切酶、外切酶、解旋酶等酶组成 * http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ 提交序列 选择物种 内含子/外显子剪接位点识别：NetGene2 NetGene2输出结果 供体位点 受体位点 可信度 相位 mRNA剪接位点识别：Spidey NCBI开发的在线匹配程序 用于mRNA序列同基因组序列比对分析 /spidey Spidey同源序列的获得:序列比对 通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。 BLAST比对到的三条mRNA序列 输入基因组序列或序列数据库号 输入相似性序列 判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数 不受默认内含子长度限制。默认长度：内部内含子为35kb, 末端内含子为100kb 比对阈值 选择物种 输出格式选择 * Spidey输出结果 第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子 外显子对应于 基因组上的 起始/结束位置 外显子对应于 mRNA/cDNA上的 起始/结束位置 供体、受体位点 外显子 长度 一致性 百分比 错配和gap 外显子 序号 序列联配结果 可能的选择性剪切体 GENSCAN与Spidey结果比较 可变剪接（Alternative splicing）分析 可变剪接是调控基因表达的重要机制 了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制 可变剪接的类型 * 查询可变剪接相关的网站 http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html 综合 http://splicenest.molgen.mpg.de/ 综合 /new_alt_exon_db2/ 综合 .tw/ .au/altExtron 人 /~kent/intronerator/altsplice.html 线虫 /tdb/e2k1/ath1/altsplicing/splicing_variations.shtml 拟南芥 从已知基因的功能推测剪接机制 选择性剪接查询：ASTD数据库 http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html 输入基因名称 选择物种类型 ASTD数据库检索结果：基因描述信息 导出序列文件 * ASTD数据库检索结果：可变剪接的mRNA 十一种选择性剪切产物 * ASTD数据库检索结果：表达的组织特异性 在不同组织中各种选择性剪接体 的表达差异 十一种不同的选择性剪接产物 第四节 基因表达调控 一、原核生物和真核生物享有共同的基因表达调控基本规律 （一）基因表达具有时空特异性 （二）诱导表达和阻遏表达是基因表达调控的普遍方式 （三）DNA/蛋白质的相互作用是基因表达调控的分子基础 DNA/蛋白质的相互作用 DNA双螺旋结构形成的大沟和小沟，特别是大沟，是调节蛋白与特定的DNA序列相互作用的结构基础。 调节蛋白通常具有特殊的结构域或模序结构，通过DNA-蛋白质，蛋白质-蛋白质的相互作用，调节特异基因的表达。 二、细菌基因操纵子的基本结构 三、真核生物的基因表达调控 与原核生物比较，真核生物的基因组更为复杂 真核基因组比原核基因组大得多，大肠杆菌基因组约4×106bp，哺乳类基因组在109bp数量级，比细菌大千倍；大肠杆菌约有4000个基因，人则约有10万个基因。 真核生物主要的遗传物质与组蛋白等构成染色质，被包裹在核膜内