基因转录组的测定及.解说.ppt

中科院北京基因组研究所 * 基因间区域表达的分析(续) 基因5’UTR和3’UTR延伸区域的表达 中科院北京基因组研究所 * 基因间区域表达的分析(续) 基因间表达区域的鉴定 rad9+/+ rad9+/+HU rad9-/- rad9-/-HU 中科院北京基因组研究所 * 基因间区域表达的分析(续) Non-coding RNA的表达 中科院北京基因组研究所 * 基因间区域表达的分析(续) 基因间表达区域的鉴定 rad9+/+ rad9+/+HU rad9-/- rad9-/-HU 中科院北京基因组研究所 * 基因间区域表达的分析(续) 新鉴定的基因间区转录位点在四个文库中的比较 rad9+/+ rad9+/+HU rad9-/- rad9-/-HU rad9-/-HU rad9-/- rad9+/+HU rad9+/+ 中科院北京基因组研究所 * (五)基因可变剪切的分析 pA TSS TSS pA Genomic DNA Transcription Start Site Exon Polyadenylation 中科院北京基因组研究所 * 基因可变剪切的分析（续） 在四个文库中外显子连接形式的鉴定 rad9 -/- rad9 -/-HU rad9+/+ rad9+/+HU rad9-/- rad9-/-HU rad9+/+ rad9+/+HU rad9+/+ rad9+/+HU rad9 -/- rad9 -/-HU 中科院北京基因组研究所 * 基因可变剪切的分析（续） 在四个文库中外显子连接形式的鉴定以及比较 Exon skip is more prevalence Antisense transcripts (Brain) Antisense transcripts (Hela) Antisense transcripts Brain Hela Antisense transcripts Conclusion rmRNA-seq identified more novel transcripts from the intergenic, intronic and repeat sequences regions, as the candidate poly A- transcripts the reads from rmRNA-seq show a more uniform distribution across genes compared to those from mRNA-seq, which improves the sensitivity of detection, accuracy of quantification and completeness of splice and exon maps Exon expression RNA-seq技术与芯片技术的比较 方法 表达芯片 Tilling芯片 RNA-seq 与基因组大小相关 分辨率 N/A （人/小鼠≥35bp） 1bp 成本 低 低-高，与芯片密度相关 高 检测范围 4个数量级 2 数量级 与测序量及实际表达量相关 灵敏度 中 低 高 新转录本 不可以 有限 可以 可变剪接 不可以 有限 可以 可变调控区 不可以 可以 可以 反义转录本 N/A N/A 可以 SNPs,突变 有限 有限