[南京农业大学][生物信息]基因芯片解说.pptVIP

第七章 其他常用生物信息学工具 比赛规则 一 奖品(由团队代表分配) 第一名 1个团队 第二名 1个团队 第三名 2个团队 二 时间规定 (1) 讲解8分钟左右; (2) 自由提问5分钟.(其中一个问题由团队非代表人员回答) 比赛规则 三 命题 1.BioXM 的序列分析功能; 2.BioXM 的收藏夹功能; 3.DNAssist 的”Edit”和”Convert”功能; 4.DNAssist 的”Analyze”功能. ----软件下载地址: /biosoft/ 比赛规则 四 代表队参赛内容 比赛规则 五 评分标准(百分制) 比赛规则 六 要求 1.准备ppt,1-2人汇报; 2.下次课前按团队坐好位置; 3.下次课前请提前10分钟将ppt拷入电脑并做好相关准备. 第六章 基因表达数据分析 生物信息学和基因芯片是新内容; 提纲 一 基因芯片简介 (1)基因芯片的发展历史 (2)基因芯片的分类 (3)基因芯片的基本原理 (4)基因芯片的技术流程 (5)基因芯片的应用 二 生物信息学在基因芯片中的应用 (1)基因芯片数据流关系图 (2)生物信息学在基因芯片中的应用 一 基因芯片简介 2. 基因芯片的分类 3. 基因芯片的基本原理 基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（microarray），将大量探针以高密度固定于支持物上，然后与标记的核酸样品进行杂交，通过检测杂交信号的强弱进而判断样品中靶分子的数量。 基因芯片的基本原理: 碱基互补匹配。 4. 基因芯片的技术流程 5. 基因芯片的应用 基因芯片用于基因诊断: 通过基因芯片诊断地中海贫血患者的血液细胞发现在B-珠蛋白基因中存在3个明确的突变位点. 二、生物信息学在基因芯片中的应用 体现在三个方面: 芯片设计 可靠性分析 数据分析 (1) 芯片设计的一般性原则 (1)互补性 (2)敏感性和特异性 (3)容错性: 采用冗余探针 (4)可靠性 (5)可控性: 设置质量控制探针 (6)可读性: 通过探针布局,使杂交信号便于观察理解 一个理想的基因芯片图像具有以下几个性质： （1）芯片单元的形状和尺寸相同； （2）每个单元的中心位于象素点上； （3）无灰尘等引起的噪声信号； （4）最小和均匀的图像背景强度。 存在的问题 急需解决的问题 ： ①生物芯片的重复利用。 ②生物芯片的多重用途。 ③统一的行业标准。 ④定量分析。 ⑤降低检测生物芯片的仪器的价格。 提纲 一 基因芯片简介 (1)基因芯片的发展历史 (2)基因芯片的分类 (3)基因芯片的基本原理 (4)基因芯片的技术流程 (5)基因芯片的应用 二 生物信息学在基因芯片中的应用 (1)基因芯片数据流关系图 (2)生物信息学在基因芯片中的应用 基因芯片检测的根本原理DNA的变性和复性. 因此探针如果在同一个芯片上与不同的点进行杂交,要求杂交的温度要尽可能一致. Tm: 凡使50%杂交体分子发生变性分解的温度称为解链温度, 即Tm. (1) 芯片设计的一般性原则 (2) 可靠性分析 (3) 数据分析 图象预处理 网格定位 背景滤除 荧光信号提取 归一化处理 网格定位结果 背景区域 背景滤除 荧光信号提取 Cluster 配合 TreeView软件 红: 正调节 绿: 负调节 黑:不变化或参照 * * 生物信息学 Bioinformatics 基本生物信息学工具的开发与应用 第九章 电子克隆的原理和应用 第八章 其他常用生物信息学工具 第七章 基因表达数据分析 第六章 系统发生分析 第五章 DNA和蛋白质序列分析 第四章 生物信息学数据库资源 第三章 生物信息学的生物学基础 第二章 生物信息学引论 第一章 名称 编号 命题(抽签) 代表姓名 生工72(二队) (16-29号) 生工72(一队) (1-15号) 生工71(二队) (17-31号) 生工71(一队) (2-16号) 软件讲解(50分) 回答问题(40) 生工72(二队) 生工72(一队) 生工71(二队) 生工71(一队) 团队合作(10) Where? Go? 生物信息学 基因芯片 促进 丰富 1.基因芯片的发展历史 Southern Northern Blot Dot Blot Microarray Microarray 高通量、 自动化、 灵敏度高 (一)按载体材料分类 玻璃芯片、硅芯片、陶瓷芯片。 (二)按点样方式分类 原位合成芯片、点样芯片。 (三)按基因芯片的使用功能 测序芯片、表达谱芯片、基因差异表达分析芯片。 基因芯片 荧光标记的样品 共聚焦显微镜 获取荧光图象 杂交结果分析 探