_真核基因与基因组解说.ppt

利用复性动力学鉴定基因组序列 零时复性序列 快速复性序列 中速复性序列 慢速复性序列 大卫星DNA：总长度100kb-几个Mb,主要分布在着丝粒区和其他异染色质区。重复单元长度不等，5bp, 25-48bp, 68bp，几百个核苷酸对等。 小卫星DNA：总长度0.1-20kb，位于近端粒处，重复单元序列9-24bp 或更长,(GGGCAGGAXG)或(TTAGGG)n如(CG)n,(ATT)n等串联重复次数在不同个体中有较大变化。 微卫星DNA：总长度小于150bp，分布在所有染色体，重复单位为1-5bp，重复次数10-60次，常见的是(AC)n，(TG)n。（占主体） 基因家族类型 核酸序列相同：多拷贝基因，如rRNA, tRNA基因家族, 组蛋白基因家族 核酸序列高度同源：如人类生长激素基因家族，包括人生长激素（hGH），人胎盘促乳素（hCS），催乳素，92%的同源性。前二者位于第17号染色体，催乳素则位于第6号染色体 免疫球蛋白分子结构 假基因形成的假说 C值（C-value）：单倍体基因组中的全部DNA量(bp) DNA序列相似，但功能不一定相关的若干个单拷贝基因或若干组基因家族总称。指一组由多基因家族及单基因组成的更大的基因家族。它们的结构有程度不等的同源性，可能都起源于相同的祖先基因，但功能并不一定相同。这些基因进化上有亲缘关系，但亲缘关系较远。如免疫球蛋白基因超家族，包括β2微球蛋白，MHCI类抗原的α链，II类抗原的α，β链，Thy-1, CD4, CD8等，还有与免疫无关的成员。 超家族基因（基因超家族） （superfamily gene） 重复序列 低度重复序列 (单拷贝序列) 中度重复序列 高度重复序列 反向重复序列 卫星DNA 短分散重复片段(SINES) 长分散重复片段(LINES) 二、真核基因组中存在大量重复序列 高度重复序列（highly repetitive sequence）占基因组DNA的比例25% 重复105 ~ 106 中度重复序列（moderately repetitive sequence）占基因组DNA的比例30%重复10 ~ 105 单拷贝序列（single copy sequence）或低度重复序列占基因组DNA的比例45%重复1~101 如果反应条件和DNA片段大小相同，则复杂度越大， 复性速度就越慢 （一）高度重复序列（重复次数〉 105- 106 ，如卫星DNA和反向重复序列） 高度重复序列是一种简单的重复序列，它们的长度差异很大，有的重复单位长度不超过6bp，有的重复单位长度达到300bp或更长。这些序列一般不分散，主要集中在异染色质中，特别在端粒和中心粒的附近，由短序列重复多次串联成长长的一大簇，但在基因组中重复可达十万-百万次。即重复频率可达106以上，缺乏转录必要的启动子而不具转录能力，不编码蛋白质或RNA。其功能至今尚不太清楚。占人基因组序列的20％。 包括反向重复序列和卫星DNA。 反向重复序列 轴向对称 镜像对称 两个相同顺序的互补拷贝在同一DNA链上反向排列而成，重复单位长度约300 bp，多数散在于基因组中，总长度约占人基因组的5％ 。 分类： 串联重复顺序-卫星DNA（satellite DNA） 主要存在于染色体的着丝粒区域，重复单位一般由2～10 bp组成或更长，成串排列，在人基因组中约占5%～6%。 这些序列中含G-C含量，远比基因组中其它部分要低得多，当将DNA切成片段进行氯化铯密度梯度超离心时，由于富含A-T片段的浮力密度小，在离心管中常常单独形成一条较窄的带与主体DNA分开，故称为卫星DNA(satellite DNA)或随体DNA。 经CsCl密度梯度离心后的小鼠DNA 卫星DNA通常是串联重复序列，由各种不同的重复序列家族组成。 重复单位常存在序列变异，反映卫星DNA可能在经过串联重复后发生突变、重复和缺失而得以进化。 在真核生物之间， satellite DNA 总量在2%-5%，甚至在亲缘关系密切相关的两个物种之间， satellite DNA也会有悬殊的差别。 卫星DNA按重复单元核苷酸的多少，可分为3类： “小卫星”（minisatellite）或同向重复序列可变数（VNTRs）：DNA指纹   在人类中VNTRs位点是1－5kb的序列，此序列由长15－100nt的重复单位组成。当将人类的总DNA提出后，用限制性内切酶切成不同长度的片断（各种VNTRs上都没有酶切位点），然后以VNTRs中的特异序列为探针进行Southern杂交，可发现阳性片断的长度各不相同。  由于不同个体的这种串联重复的