微生物之克雷伯菌剖析.pptVIP

分子检测常用靶点 肺炎克雷伯菌16S序列比对 肺炎克雷伯菌16S进化树 肺炎克雷伯菌ITS序列比对 肺炎克雷伯菌ITS进化树 文献中肺炎克雷伯菌ITS引物 肺炎克雷伯菌phoE序列比对 肺炎克雷伯phoE进化树 文献中肺炎克雷伯菌phoE引物 肺炎克雷伯菌耐药基因比对 肺炎克雷伯菌耐药基因 比对文件注意事项 ①耐药基因多聚集成“簇”，有的单个比对文件中包含多个基因，在设计引物时，找准目标基因序列是关键。 ②如果比对文件中包含多种目的基因，如β-内酰胺酶“IMP”基因，有“IMP-1，IMP-2等等”，在FASTA文件中改成了相应的名字，以示区别，如果比对文件中只包含一种目的基因，FASTA文件中仍保留其原始名称和名称格式，未作修改。 ③虽然在FASTA文件中，绝大部分成簇基因名称都改成“X（靶基因名） and other genes”,以表示该条序列是靶基因和其他非靶标基因成的“簇”。但成簇基因名称在NTI序列比对软件中显示不完整，只显示把基因名，未显示“and other genes”字样，在查看比对结果时，可打开FASTA原始文件一一对应查看，不过也可以根据基因序列长度来判断，一般的说，碱基数3000bp的序列是成簇基因序列，请注意鉴别。 ④有些铜绿耐药基因序列在NCBI和欧洲数据库中找不到，就用了其他种的对应耐药基因替代，FASTA文件中基因名包含了种名，但在NTI