Chapter核苷酸序列说课.ppt

结果验证 采用数据库搜索方法对选定的ORF进行验证 BLASTB比对搜索到多个显著相似的序列, 因此所预测的ORF可信度比较高 Spidey/IEB/Research/Ostell/Spidey/ 可对cDNA或EST序列分析 NCBI开发，基于BLAST和Dot View局部比对算法 优势在于能同时将多条mRNA/cDNA或EST序列与基因组序列进行比对 输入基因组序列Z83819 输入序列: AF166326 AF166327 选择性剪切（Alternative splicing）分析 核苷酸序列分析 Gene Structure 选择性剪切（Alternative splicing）分析 选择性剪接是调控基因表达的重要机制 了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制 分析方法： 查询选择性剪切相关的网站 多序列比对 查询选择性剪切相关的网站 http://www.ebi.ac.uk/asd/index.html 综合 http://splicenest.molgen.mpg.de/ 综合 /new_alt_exon_db2/ 综合 5/AsMamDB/ 哺乳动物 /tigr-scripts/tgi/splnotes.pl?species=human .tw/ .au/altExtron 人 /~kent/intronerator/altsplice.html 线虫 /index.jsp 植物 /tdb/e2k1/ath1/altsplicing/splicing_variations.shtml 拟南芥 核苷酸序列分析 Gene Structure 从已知基因的功能推测剪切机制 分析EST序列的选择性剪切 Seq1 ATGGGAAACTGGGTGGTTAACCACTGGTTTTCAGTTTTGTTTCTGGTTGTTTGGTTAGGGCTGAATGTTT TCCTGTTTGTGGATGCCTTCCTGAAATATGAGAAGGCCGACAAATACTACTACACAAGAAAAATCCTTGG GTCAACATTGGCCTGTGCCCGAGCGTCTGCTCTCTGCTTGAATTTTAACAGCACGCTGATCCTGCTTCCT GTGTGTCGCAATCTGCTGTCCTTCCTGAGGGGCACCTGCTCATTTTGCAGCCGCACACTGAGAAAGCAAT TGGATCACAACCTCACCTTCCACAAGCTGGTGGCCTATATGATCTGCCTACATACAGCTATTCACATCAT TGCACACCTGTTTAACTTTGACTGCTATAGCAGAAGCCGACAGGCCACAGATGGCTCCCTTGCCTCCATT CTCTCCAGCCTATCTCATGATGAGAAAAAGGGGGGTTCTTGGCTAAATCCCATCCAGTCCCGAAACACGA CAGTGGAGTATGTGACATTCACCAGCATTGCTGGTCTCACTGGAGTGATCATGACAATAGCCTTGATTCT CATGGTAACTTCAGCTACTGAGTTCATCCGGAGGAGTTATTTTGAAGTCTTCTGGTATACTCACCACCTT TTTATCTTCTATATCCTTGGCTTAGGGATTCACGGCATTGGTGGAATTGTCCGGGGTCAAACAGAGGAGA GCATGAATGAGAGTCATCCTCGCAAGTGTGCAGAGTCTTTTGAGATGTGGGATGATCGTGACTCCCACTG TAGGCGCCCTAAGTTTGAAGGGCATCCCCCTGAGTCTTGGAAGTGGATCCTTGCACCGGTCATTCTTTAT ATCTGTGAAAGGATCCTCCGGTTTTACCGCTCCCAGCAGAAGGTTGTGATTACCAAGGTTGTTATGCACC CATCCAAAGTTTTGGAAT 分析EST序列的选择性剪切 BLAST搜索Seq1,发现它与多条NOX1基因高度相似，因此它可能是NOX1基因的选择性剪切产物 分析EST序列的选择性剪切 在ProSplicer网站搜索NOX1基因，结果表明NOX1基因有不同的选择性产物 输入NOX1 Output 分析EST序列的选择性剪切 收集不同剪切体的mRNA/cDNA/EST序列，如AF166316, AF166327, AF166328, NM_013955, 与Seq1比对，可判断Seq1的剪切机制。 Seq1与AF166327最为相似，与AF166327在基因的5’相匹配，而缺失了第10~13号外显子区域。 Seq1与AF16631