分子进化分析与相关分析软件的应用--实验13.ppt

Xiaofang Xie College of Life Science Fujian Agriculture and Forestry University E-mail:xxf317@ 内容提要 分子进化分析介绍 系统发育树重建方法 分子进化分析软件简介 系统发生与系统发生树 基本概念： 系统发生（phylogeny）——是指生物形成或进化的历史 系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系 系统发生树（phylogenetic tree）——表示形式，描述物种之间进化关系 分子钟理论 内容提要 分子进化分析介绍 系统发育树重建方法 分子进化分析软件简介 系统发育树重建分析步骤 系统发育树重建的常用的几种方法 最大简约法(maximum parsimony,MP) 距离法(distance) 最大似然法(maximum likelihood,ML) 距离法 距离法又称距离矩阵法，首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系 。 通过矩阵建树的方法 由进化距离构建进化树的方法有很多，常见有： 1.Fitch-Margoliash Method（FM法） 2. Neighbor-Joining Met