实验三基因组序列分析资料.ppt

gi|2282011|gb|AC002390.1| Human DNA from overlapping chromosome 19-specific cosmids R30072 and R28588, genomic sequence, complete sequence /molbio/proscan/ * http://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot/ * 由100~200个A组成的Poly(A)尾巴,Poly(A)尾不是由DNA编码的，而是转录后的前mRNA以ATP为前体，由RNA末端腺苷酸转移酶，即Poly(A)聚合酶催化聚合到3’末端。 * /berry.phtml?topic=polyahgroup=programssubgroup=promoter * * 剪接位点一般具有较明显的序列特征，但是要注意可变剪接的问题。由于可变剪接在数据库里的注释非常不完整，因此很难评估剪接位点识别程序预测剪接位点的敏感性和精度。如果把剪接位点和两侧的编码特性结合起来分析则有助于提供剪接位点的识别效果。 * 二. 启动子预测 输入序列的Fasta文件 * 启动子预测结果 从预测结果可知，预测的启动子区在32564至32783之间，启动子阈值系统默认为53.00，预测的启动子分值为84.69，高于阈值，分值越高，说明预测的准确性大。与该启动子可能结合的转录因子如下所示 * 三 CpG岛预测 CpG岛 CpG 岛又称为HTF 岛，是DNA上的一个区域，此区域富含GC，二者以磷酸酯键相连。 位于真核生物基因转录起始位点上游，GC含50% ，长度200bp CpG岛常出现在管家基因或频繁表达的基因的启动子附近，在这些部位，CpG岛具有阻止序列甲基化的作用，因此，搜索CpG岛可以为基因及其启动子的预测提供线索。 CpG Island 分析 CpG Island /cpgislands2/cpg.aspx Web CpG finder /berry.phtml?topic=cpgfindergroup=programssubgroup=promoter Web CpGPlot/CpGReport/Isochore http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html Web * 输入序列的Fasta文件 * 从该序列的预测结果来看，找到两个CpG岛，分别位于501-727，长度为227个碱基，54380-54691，长度为312 * 四 转录终止信号 加polyA信号：AAUAAA 转录终止信号：GC rich二重对称区、UUUUUU C-G C-G G-C G-C U-A G-C G-C C-G G-C UUUUUUUUU RNA 5’ 3’ AAUAAA CAAAAAAAAAAAAA 成熟mRNA 5’ 3’ AAUAAA CA GU mRNA前体 5’ 3’ * * 转录终止信号预测 Hcpolya r.it/~webgene/wwwHC_polya.html Web POLYAH /berry.phtml?topic=polyahgroup=programssubgroup=promoter Web polyadq /tools/polyadq/polyadq_form.html Web * POLYAH的使用及结果分析 输入序列的Fasta文件 * POLYAH的使用及结果分析 预测的POLYA位点，LDF为权重 * 内含子/外显子剪切位点识别 对基因组序列的读码框区域进行预测 内含子5’端供体位点(donor splice site): GT 内含子3’端受体位点(acceptor splice site): AG 预测工具： GENSCAN，GENEMARK NetGene2, Splice View * mRNA剪切位点识别：spidey * NCBI开发的在线预测程序 用于mRNA序列同基因组序列比对分析 /IEB/Research/Ostell/Spidey/index.html * * 序列在线提交形式： 界面中有两个窗口： 上方窗口用于输入基因组序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 下方窗口用于输入cDNA/mRNA序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 可同时输入多条cDNA/mRNA序列与同一条基因组序列进行分析 Spidey序列提交页面 输入基因组序列或序列数据库号 AC002390.1 * 输入相似mRNA序列 判断用于分析的序列间的差异， 并调整比对参数 不受默认内含子长度限制， 默认长度：内部内含子 为35kb, 末端内含子为100kb 输出格式 比对