第六蛋白质结构预测的原理与方法摘要.pptVIP

主要内容 §6.1 概述 §6.2 蛋白质结构分析 §6.3 二级结构预测 ? §6.4 三级结构预测 一、同源蛋白质结构预测 又称同源模型化方法 主要思想： 对于一个未知结构的蛋白质，找到一个已知结构的同源蛋白质，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。 依据： 任何一对蛋白质，如果两者的序列等同部分超过30%，则它们具有相似的三维结构，即两个蛋白质的基本折叠相同，只是在非螺旋和非折叠区域的一些细节部分有所不同。 一、蛋白质二级结构预测概述 蛋白质的二级结构预测的基本依据是： 每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级结构的倾向。 二级结构预测问题是模式分类问题 二级结构预测的目标： 判断每一段中心的残基是否处于?螺旋、?折叠、转角（或其它状态）之一的二级结构态，即三态。 基本策略（1）相似序列→相似结构 QLMGERIRARRKKLK QLMGAERIRARRKKLK 二、蛋白质二级结构预测的意义 　　蛋白质二级结构预测不仅仅可以给出二级结构信息，在实际工作中有广泛的用途。 ① 由蛋白质二级结构统计分析得到的规则可用于全新蛋白质设计或蛋白质突变体的设计。 ② 当序列同源性较低时，二级结构的指认有助于确定蛋白质间结构与功能的关系。 ③ 在同源蛋白质模建中，二级结构预测有助于建立正确的序列比对关系。 ④ 在基于二级结构片段堆积的三级