(2013-11-13)酶化学B3摘要.ppt

Sequential Theory (ligand-induced theory) 别构酶调节活性的机理 齐变模型（WMC模型） 亚基以对称方式排列，整个酶分子以两种构象存在，松弛型（R）和紧张型（T）。R型有利于与底物结合，T型不利于与底物结合。 同一酶分子中不存在构象杂合体（RT态），它的亚基要么是R型，要么是T型。 两种构象状态间的转变，对每个亚基来说都是同时的，齐步发生的。 ④ 当底物不存在时，绝大多数酶分子均为T型，加入底物后，T型各亚基齐步向R型转变。 不能解释负协同 (2)、序变模型 序变模型是近年来更为普遍运用的模型。其主要是依据这样一种设想，即一个配体可以诱导它要结合的亚基的三级结构的变化。这个亚基-配体复合体又能够改变相邻亚基的构象。这一模型特别强调对于配体只有一种形状是亲和力最高的，但与齐变模型不同的是在具有部分饱和的一个寡聚分子中允许存在着高亲和力和低亲和力的亚基（右图b）。 Mixture of T subunits and R subunits is possible. Binding of S converts only that subunit from T to R 胰凝乳蛋白酶的催化三联体 丝氨酸蛋白酶家族具有类似的Ser -His-Asp催化三联体 电荷中继网： 通过电荷中继网进行 没有底物时： Ser195—His57—Asp102形成一个氢键体系， His57是去质子化状态， Asp102的COO-通过氢键定位并固定His57。 结合底物时： His57从Ser195接受一个质子，增加了Ser195羟基氧原子对底物的亲核攻击性， Asp102的COO-稳定过度态中His57的正电荷形式。 胰凝乳蛋白酶的活性中心 结合部位：决定专一性 催化部位 丝氨酸蛋白酶的专一性 丝氨酸蛋白酶的活性中心位于酶分子表面凹陷的小口袋中，口袋的大小以及口袋内的微环境（疏水性、电荷性质）决定了丝氨酸蛋白酶的底物专一性 趋异进化 丝氨酸蛋白酶的趋异进化 P409 P408 丝氨酸蛋白酶的专一性 胰凝乳蛋白酶 ：口袋较大，主要由疏水氨基酸残基围成，开口较大（由两个Gly组成），因此需要底物有一个疏水基团（芳香环Phe、Tyr、Trp及大的非极性侧链）定位。裂解芳香族氨基酸羧基侧的肽键 胰蛋白酶：口袋较大，底部有Asp，利于 Lys.、Arg结合，裂解碱性氨基酸残基羧基侧的肽键 弹性蛋白酶：口袋较浅，开口较小（由Val，Thr组成）只能让Ala等小分进入，裂解小的中性氨基酸残基羧基侧的肽键 结合中心 4. 胰凝乳蛋白酶的催化机制 P409 胰凝乳蛋白酶的催化机制 P409 2. 蛋白酶的酸碱催化作用加强了共价键化基团对肽键碳原子的亲核进攻能力。（是非题） 中山大学2009年 胰凝乳蛋白酶的催化机制 胰凝乳蛋白酶的催化机制 Activation Of Ser residue covalent linkage with carbonyl group of polypeptide chain and Formation of tetrahedral inter-mediate transition state Cleavage of peptide bond,释放C端肽链 第1次四面体过渡态中间物 第1阶段： 酰化 胰凝乳蛋白酶的催化机制 Activation of water molecule by pairing with its hydrogen atom (through a basic residue) Formation of second tetrahedral intermediate transition state Regeneration of Ser residue by a protonated basic residue 第2次四面体过渡态中间物 第2 阶段： 脱酰 胰凝乳蛋白酶反应的详细机制 第1阶段： 酰化 Ser195---OH 中的氧攻击肽键的羰基碳（共价催化），酶的His57咪唑H+与底物中的-NH形成氢键（酸碱催化），形成四联体过渡态（Ser195—O-、底物的羰基C、底物的-NH、His的咪唑H+ ），肽键断裂氨基产物释放，底物的羧基部分共价酯化到Ser195的羟基上。 第2阶段： 脱酰 电荷中继网从水中吸收一个质子，结果产生的OH-攻击连在Ser195上底物的羰基C原子，形成四联体过