第四章核酸序列-1讲课.ppt

主要内容 §4.1 引言 §4.2 序列的一般分析 §4.3 基因预测与鉴定 §4.4 非编码区分析与调控元件识别 许多程序对DNA序列一次进行全部6个阅读框的翻译。 程序之一：EBI著名软件包EMBOSS中的Transeq http://www.ebi.ac.uk/emboss/transeq/ 特点： 1）输入序列可以是原始序列，也可以是GCG，Fasta，EMBL，GenBank，PIR等格式。 2）可一次翻译成1条，同向3条，双向6条蛋白质序列。 3）翻译时可选择标准密码子或其他类型的密码子 Transeq主页 翻译结果（6框架） 程序之二： ExPASy的Translate Tool /tools/dna.html 特点： 1）程序简单，没有太多的可选项，运行速度快。 2）一次翻译双向6条蛋白质序列。 3）输出结果较Transeq清楚，不仅将终止密码子用Stop英文单词表示，还将起始密码子以MET标记出来 Translate Tool主页 Translate Tool翻译结果 程序之三： NCBI的ORF finder /gorf/gorf.html 特点： 1）输入序列只能是Fasta格式。 2）输出结果以图形化表示，并将核酸序列与氨基酸序列同时排列出来。 3）可将结果直接用Blast进行序列数据库搜索比对。 ORF F