第四章核酸序列-2讲课.ppt

主要内容 §4.1 引言 §4.2 序列的一般分析 §4.3 基因预测与鉴定 §4.4 非编码区分析与调控元件识别 3）如何进行EST重叠群的拼接和组装？ (1)人工拼接程序：CAP(contig assembly program) 该程序是中国人所编制的序列拼接工具，最早出于1992年。目前的版本是CAP4，已成为世界上许多测序中心首选的序列拼接工具。 http://pbil.univ-lyon1.fr/cap3.php (2)自动拼接程序： GeneNest系统， http://genenest.molgen.mpg.de/ CAP3拼接程序 序列格式要求： 1）必须为Fasta格式 2）序列中不能有数字和空格。 拼接结果 双序列比对结果，两条序列100％匹配 4）拼接后的一致序列是否为全长cDNA? 确定全长cDNA的策略大致包括对一致序列进行转录起始位点区、第一个起始密码子、Kozak规则、开放阅读框、终止密码子和3′端UTR中的polyA加尾信号等的基因特征序列的确认。 Kozak规则：该规则是基于真核基因结构的分析统计结果。 第一个起始密码子ATG侧翼序列的碱基分布所满足的统计规律，若第一个ATG中的碱基A、T、G分别标为1、2、3位，则Kozak规则可描述如下：①第4位的偏好碱基为G；②ATG的5′端约15bp范围的侧翼序列内不含碱基T；③在-3，-6，和