第五章进化与系统发生分析资料.pptVIP

For sequences: OsSRZ1 MNRKPGDWDCRACQHLNFSRRDLCQRCGGPRGAADRGSGGGGDYANFGGRGGSSFGGGFGTGSDVRPGDWYCNCGAHNFASRSSCFKCAAFKDDAAVNSGGAGAFDGGDMSRSRGYGFGSGAVRASRPGWKSGDWICTRSGCNEHNFASRMECFRCNAPRDSGTEV OsSRZ2 MNIQRKPGDWNCKSCQHLNFSRRDYCQRCHTPRQDLPLGDGYVPGGVLSSLDIRPGDWYCNCGYHNFASRASCFKCGAIVKDLPAGQGGGVANGDFARALDSSAVRAGWKAGDWICTRPGCNVHNFASRIECYRCNAPREAGNVK OsSRZ3 METKAAAMAMRKPGDWSCRSCQYVNFCKREACQRCGEAKLGVERTDYAAMGGGWEVKPGDWCCRCCAVNNYASRGSCFKCGAAKNDSAAAVAQGWGFSVASQAGWKNGDWICPRMECNVQNYANRTECFRCNFPRYYVD AtSRZ1 MSRPGDWNCRSCSHLNFQRRDSCQRCGDSRSGPGGVGGLDFGNFGGRAMSVFGFTTGSDVRPGDWYCTVGNCGTHNFASRSTCFKCGTFKDETGAGGGGGGIGGPAMFDADIMRSRVPGNGGRSSWKSGDWICTRIGCNEHNFASRMECFRCNAPRDFSNRTSF AtSRZ2 MNRPGDWNCRLCSHLNFQRRDSCQRCREPRPGGISTDLLSGFGGRPVSSSFGFNTGPDVRPGDWYCNLGDCGTHNFANRSSCFKCGAAKDEFSCSSAAATTGFMDMNVGPRRGLFGFGGSSSGGGGTGRSPWKSGDWICPRSGCNEHNFASRSECFRCNAPKELATEPPY AtSRZ3 MSWTGGDWLCGACQHANFKKRESCQKCGYPKFGGVDVSTYLYNRTEVMAGDWYCGALNCGSHNYASRTSCYRCGMIKVEYTEQYYGAQMVAYGNDGAACPPGWKTGDWVCPRVGCGVHNYASRAECFKCKTTRDYGGV Step OK? 1)ClustalX多序列比较; 生成.aln文件 Part II 流程:1)ClustalX多序列比较; 2)用MEGA程序转换格式; 3)选择构建方法; 4)MEGA查看. Step OK?… 2)用MEGA程序转换格式; 方法(2) 生成.MEG文件 3)选择构建方法; 4)MEGA查看 * * * * * * paralogs orthologs 思考: 用于分子进化的序列必须是直系 or 旁系同源才能真实反映进化过程? 第二节 系统发生分析步骤 （1）序列比对 （2）确定替换模型 （3）构建系统发生树 （4）评价所建立的树 两类数据： 距离 离散特征 系统发生树的构建方法分为两大类： 基于距离的构建方法： 非加权组平均法 邻近归并法 Fitch-Margoliash法 最小进化方法 基于离散特征的构建方法： 最大简约法 最大似然法 进化简约法 相容性方法 基本思路是： 给定一种序列之间距离的测度，在该距离测度下构建一棵系统发生树，使得该树能够最好地反映已知序列之间的距离。 一.距离法 10条核酸序列的距离矩阵 例，如果有三个物种，其两两距离如下： dab = 0.5 dac = 0.9 dbc = 0.9 通过求解方程，得到 如图所示的一棵树。 u v a b c 0.2 0.25 0.25 0.45 一种简单的距离矩阵 1.1 非加权分组平均法（Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean, UPGMA） 在非加权分组平均法中，在计算新分类到其它分类之间的平均距离时按照各分类中分类单元的数目进行加权处理。 例，如果有三个物种，其两两距离如下： dab = 0.5 dac = 0.9 dbc = 0.9 通过求解方程，