化学软件应用---ChemOffice课题.ppt

化学办公软件;ChemOffice简介;ChemOffice 构成;3.1 ChemDraw;;主要功能;菜单栏 常用工具栏;? ChemDraw主界面自上而下分为菜单栏、工具 栏和绘图窗口。绘图窗口左侧是垂直工具栏，其 中的工具和模板是化学专用的。有些模板按钮下 面带有 箭头，单击该按钮不松开，会在其右侧 弹出子工具栏。;【箭头】;氨基酸（Amino Acids）;芳香族（Aromatics）;玻璃仪器（Clipware）;构象异构体 （Conformers）;环烷（Cycloalkans）;官能团（Functional Groups）;苯环（Ph Rings）;多面体（Polyhedra）;立体中心 （Stereocenters）; ChemDraw包括了众多的模板，我们想画的 东西多数已经包括在其中了，熟悉这些模板， 我们可以根据这些模板迅速组合成希望的分子 形状。;以阿司匹林结构式的绘制为例： 1. 启动ChemDraw； 2. 选中垂直工具栏最下端的 按钮，鼠标变成苯环的样子；;3.在绘图区单击鼠标，出现一个苯环；;;;;7. 选中垂直工具栏 中的文本工具，分 别将鼠标移至应该 出现羟基或氧原子 的位置，待出现连 接点后，点击键盘 上的O键。; 在绘制过程中，化学键键角难以精确掌握，且 拖拉化学键或键点的过程中难免会造成键长的变 化和图形的扭曲，因此需要对图形进行整理。除 了手动调整外，还可以通过ChemDraw的相关菜 单命令进行整理。;8.单击;? 1.3.2 图形存盘;;? 3.1.3.3 图形的旋转或缩放;撤销操作，单击;? 1.3.4 检查结构错误和整理结构式;? 1.3.5 根据化合物名称得到结构式;;; ChemDraw也能根据一些化合物的缩写给出结构 式，如EDTA。在输入框中输入EDTA，即可出现 EDTA的结构式。;OH; 并非所有的化合物名称都能得到结构式，如果无法由 名字产生结构式，ChemDraw会弹出显示提示信息。;? 1.3.6 根据结构得出化合物命名; HO OH HO NH;;? 1.3.7 预测核磁共振化学位移;? 绘制化合物结构式;;;? 1.3.8 分析结构估计性质;以心安得化合物为例：;? 1.3.9 元素周期表;;? 1.3.10 绘制化学反应式;使用苯环模板绘制苯环;使用箭头模板，绘制两条水平箭头;OH;? 1.3.11 符号、字体和颜色;（2）改变字体;（3）改变颜色 默认状态下，ChemDraw的文字和绘制的图形是黑色 的，根据实际需要可以变换文字及图形的颜色。;;? 1.3.12 快捷菜单和快;（2）快捷键;? 编辑快捷键与其他软件如word相同，常用的与图形编 辑有关的快捷键： Ctrl+A：全选 ，Ctrl+C：复制，Ctrl+V：粘贴，;? 1.3.13 绘制实验装置; 在【Clipware，Part1】和【Clipware，Part2】中依 次选择合适的铁架台、铁夹、加热器、单口烧瓶、蒸馏 头、温度计、直形冷凝管、接收器等模板，并将其绘制 出来。;;;蒸馏装置;2 Chem3D; Chem3D是ChemOffice的组成部分，它能很好地 同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二 维结构式可以正确地自动转换为三维结构。Chem3D Ultra版还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序 MOPAC，还可以与著名的从头计算程序Gaussian连 接，作为它的输入、输出界面，能够以三维的方式显示 量子化学计算结果，如分子轨道、电荷密度分布等。;轨;Chem3D的文件扩展名为“.c3d”，模板文件名为;? 3.2.2 建立3D模型;（1）利用键工具建立模型 单击工具栏上的单键按钮;;;C1;C1;C2;;（2）利用文本工具建立模型;;异丁烷模型;异戊二烯模型;4-甲基-2-戊醇模型; 输入一组氨基酸的缩写，可建立多肽的3D结构。如 输入“H(Ala)12OH”，然后用轨迹球按钮转动模型，从 α-螺旋的中间部分看过去，即为下图得到的模型。;多肽的α-螺旋;（3）使用子结构建立模型 Chem3D提供了子结构库，;;单击工具栏上的复制按钮，复制该结构;;;;;（4）使用模板建立模型;C60的3D模型;? 2.3 ChemDraw结构式与3D模型间的转换;ChemDraw窗口;（2）直接打开ChemDraw文件;;;（3）3D模型转换为平面结构式;;;? 2.4 整理结构与简单优化;执行【Caculations】/ 【MM2】/【Minimize】 命 令，弹出【Minimize Energy】对话框;;;;;? 2.5 显示3D模型信息;将鼠标移动至; 按住Shift键不动， 用鼠标顺序选中连续