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生物化学笔记 一 蛋白质的共价结构 1.氨基酸（amino acid） －20个，18个常见，1个脯氨酸，1个硒代胱氨酸（由终止密码字编码） －20种氨基酸的性质，排列顺序决定蛋白质的性质 －人类中L型出现较多，D型较少，但是牙齿中的天冬氨酸便是；而在微生物中，D型出现较多，一般出现于翻译后修饰，可通过恢复又形成L型 氨基酸结构 每个氨基酸（除pro）都含有：－COOH-(羧基)，－NH2－（氨基），—R(R集团) 羧基和氨基的主要作用：提供氢键形成二级结构 暴露在外的主要是R基，又侧链的排列组合决定蛋白质的结构 侧链提供不同的功能集团能够使蛋白具有独特性： 独特的折叠结构 溶解状态：与引起生命过程有强烈关系，侧链起决定作用 聚集状态：单体，二聚体等 与大分子物质形成复合物或大分子，提高酶活性 修饰 蛋白质形成的氨基酸规律并不明显，但是结构蛋白有一定的规律，其中有点肯定的是，氨基酸的选择不是随意的 决定蛋白质结构的因素有：氨基酸数量，排列组合，侧链修饰（例如 电荷改变与其他分子，自身内部作用而发生改变） 氨基酸分类（根据极性分类） 在普通条件下，根据极性差别，可分为以下几类： 非极性氨基酸（Gly-G, Ala-A, Val-V, Leu-L, Ile-I, Phe-F, Trp-w, Met-M. Pro-P） 性质：1.具有疏水性 2.结合或放出质子（Met，Phe，Try易放出质子） 3.酶反应中，蛋白质折叠堆积在一起时，酸性强，从而形成极端环境，因此极性变强，某些基团具有极端性质易完成特定反应。 4.在水相球蛋白中，非极性氨基酸贝排在蛋白质疏水中心，犹如蛋白质骨架，维持蛋白质结构，起稳定作用，蛋白质结构对功能非常重要，因此可在疏水区域对蛋白质骨架与功能有十分重要作用 5.在跨膜蛋白中，非疏水侧链能与膜易结合 1st 甘氨酸（Gly）： 缺少对称结构，不能形成立体化学结构 缺少β碳原子，因此组成肽链时，使肽链更柔软，因为原子相互之间摆动的角度大，受到阻力比复杂侧链要简单 提供更多的结构空间 甘氨酸常位于蛋白质拐角处，并在胶原蛋白中甘氨酸含量大，提供空间与柔软性，抗击能力强。 甘氨酸对邻位氨基酸也有影响。由于空间小，提供邻位氨基酸化学活性。比如Asn-Gly的组合比Asn－xaa更易形成环状的酰胺结构 甘氨酸常作为免疫识别和酶催化的位点 2nd 丙氨酸（Ala）： 是20种氨基酸种最没特性的氨基酸，没有特别的构想性质，因此可出现在任何部位 最普通的氨基酸，弱疏水性，化学稳定性低，发生化学修饰机率低 为左提花位点可用于研究某个氨基酸在蛋白质的功能 3rd缬氨酸（Ala）： 体积变大，降低整体结构软柔性，旋转空间不大 阻碍邻位的化学活性 属于国都太氨基酸，中度疏水性 4th 异亮氨酸（ile）： 疏水性增强 含有β分支链，对邻位氨基酸有空间阻碍，降低化学活性 出现在蛋白质内部，倾向于形成β折叠结构而不是α－螺旋（因为空间阻碍变大） 有第二个非对称中心，碰到强酸时，立体结构改变，形成别异亮氨酸，功能随之改变 在体外和体内环境有差异时，蛋白质稳定结构对蛋白质功能具有重要作用 5th 亮氨酸（Leu）: 疏水性比异亮氨酸 在球蛋白中最常见氨基酸，处于疏水中心 形成跨膜螺旋结构中的主要成分 亮氨酸拉链结构 亮氨酸拉链（leucine zipper）：出现在DNA结合蛋白质和其它蛋白 质中的一种结构基元（motif）。当来自同一个或不同多肽链的两个两用性的α-螺旋的疏水面（常常含有亮氨酸残基）相互作用形成一个圈对圈的二聚体结构时就形成了亮氨酸拉链。 在生物化学的研究中，发现某些DNA结合蛋白的一级结构C末端区段，亮氨酸总是有规律地每隔7个氨基酸就出现一次。蛋白质α-螺旋每绕一圈为3.6个氨基酸残基。这种一级结构形成α-螺旋时，亮氨酸必与螺旋轴平行而在外侧同一线上排布，每绕两圈出现一次，如图中的1,8,15,22位；而且，亮氨酸R-基因上的分支侧链也露于螺旋之外成规律地相间。所谓拉链，就是两组平行走向，带亮氨酸的α-螺旋形成的对称二聚体。每条肽链上的亮氨酸残基，侧链上R-基因的分支碳链，又刚好互相交错排列，故名。亮氨酸拉链结构常出现于真核生物DNA结合蛋白的C-端，它们往往是和癌基因表达调控功能有关，故受到研究者的重视。这类蛋白质的主要代表为酵母的转录激活因子GCN4，癌蛋白Jun，Fos，Myc，增强子结合蛋白C/EBP等。这类基元结构是解决基因转录调控的途径之一，并将会在生命科学研究中继续成为主导领域的研究课题。 （leucine zipper）是由伸展的氨基酸组成，每7个氨基酸中的第7个氨基酸是亮氨酸，亮氨酸是疏水性氨基酸，排列在。螺旋的一侧，所有带电荷的氨基酸残基排在另一侧。当2个蛋白质分子平行排列