1.2序列采集存储查询~生物信息学总汇.ppt

生物信息学 ;本章内容提要;2. 序列数据的存储;三大数据库之间的联系;GenBank中测序最多的20个物种;dbEST: 表达序列标签数据库;UniGene: An Organized View of the Transcriptom;Refseq数据库;;NCBI Gene;UniProt;Swiss-Prot Release 54.1;TrEMBL Release 37.1;3. 序列数据的文件格式;GenBank数据格式;GenBank的数据类型;UniProt数据格式;FASTA格式;4. 序列数据的查询;问题：;NCBI: BLAST;nucleotide blast;Megablast: 找基因序列;提交序列;NM_001168.2：Survivin;Survivin;Gene info: 17号染色体;功能注释：Gene Ontology;结论1;NM_001168.2：Survivin;Human Survivin！;获取蛋白质的序列信息;Survivin：142aa;结论2;获取FASTA序列;FASTA格式的序列;PHI-BLAST: find domain;填入蛋白质的FASTA序列;BIR domain;结论3;UniProt: 蛋白质数据库;在人中做BLAST搜索;Survivin：O15392;Survivin的蛋白质信息;功能注释;结论4：功能分析;