分子对接方法.pptVIP

分子对接;计算机辅助药物设计的方法学;基于受体的药物设计方法;分子对接;1 分子对接的概念;2 分子对接的原理; 分子对接的最初思想起源于Fisher E提出的“锁和钥匙模型”。即受体与配体的相互识别首要条件是空间结构的匹配 ;Oh boy! What a perfect match;3分子对接的基本原理;3 分子对接的一般过程;;;;;;4 分子对接的分类;3分子对接的基本方法;受体的活性位点 ;Dock对接程序中刚性对接的算法就是基于这种思想 ; 一系列的球集填充在受体活性位点的表面，这些球集代表能被配体占据的体积。配体可以用球集表示或者用自己的原子表示，在Dock程序中，四个有效匹配的对应点被考虑，先考虑配体中第一个球集与活性位点的球集的匹配，第二个点则满足?d ≤ ε，其中?d为第二个匹配点中配体和受体的球心与第一个点球心的距离，第三个点又必需满足与前两个球心的距离限制，以上过程一直进行到找不到更多匹配点为止。 ;（2）基于几何哈希技术“geometric hashing”的方法 ;(3）基于pose clustering的方法 ;（二）柔性对接的方法;（2）片段的方法 ; 第一个连续构建的算法是Kuntz发展的Dock程序，首先，一个单独的锚碎片通过手工选择对接进受体的活性结合位点，并且考虑了氢键的作用。其次这个锚的优势位置主