生物分析软件介绍.ppt

生物分析软件; GeneDoc;GenDoc界面;功能;DNAman界面; DNAstar;GeneQuest：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序列和酶切位点等。; Clustalx;Phylip;6;序列比对、同源性分析及做生成树分析 如上的软件几乎都能实现以上的目标 DNAman、 Phylip和Mega5比较适合我们 Clustalx更多的是辅助其它软件实现分析;用Clustalx进行序列比对;多序比对步骤：;2编辑序列：可执行如下操作;4完全比对：DO Complete Aligement;Phylip软件构建系统发生树 ;做进化树步骤：;3打开Dnadist.exe ：DNA距离矩阵计算器;5打开Drawtree.exe：无根树; Treeview可以显示Bootstran值 ,序列60条以上时显示较乱，可输出EMF和WMF图片文件看 Phylodraw功能强可调节X、Y轴的值，可输BMP、PS 格式，但不能显示Bootstran值 Njplot可以显示Bootstran值和分值长度。但是不能调节图片X、Y轴的长度 ;其它建树的方法：;Mega5软件构建系统发生树 ;做进化树步骤：;这里选创建新网格;我们这里以DNA序列为例选DNA;这时便可以创建新数据文件;2导入序列：支持fasta、aln等多种格式;3序列比对：就是利用clustalx软件;3系统分析：关闭窗口，保存文件;3系统进化树构建：本例采用N-J法建树;设置参数：根据情况选择Bootstrap这里选200;计算完毕后得出进化树;4后续处理：为达到发表文章的要求;比较;NCBI(GenBank) 网址： Expasy: 蛋白质主要数据库之一 网址： / SCOP数据库：蛋白质结构分类数据库 网址：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/;生物秀论坛：很多分享软件操作的帖子 网址：/ 生物信息学论坛：专一于生物信息学论坛网址：/ 生物信息学天空：前沿进展学术会议 网址：/ ;谢谢