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第六章__表达序列资料
第六章 表达序列分析;第一节 引言;(二) 什么是表达序列标签? ;EST的获得途径;二、EST的用途 基因组物理图;(一) ESTs与基因图谱的绘;(二) ESTs与基因预测的验;(三) ESTs与基因预测（ ;(四) ESTs与SNP位点预;(五) ESTs与基因表达谱的;(六) EST数据的不足EST;第二节 EST数据分析;一、cDNA文库的构建与EST;EST技术流程体内：翻译体外研;二、EST数据库1993年前：;常用的EST数据库数据库名称网;（一）dbEST（databa;dbEST数据格式Public;在dbEST中检索数据利用En;1. 检索栏内输入关键词，如“;2. 检索结果访问号数据描述G;3. 检索结果的解读数据记录的;（二）UniGene数据库 ;1. 检索栏内输入关键词“HB;2. 获得检索结果页面;3. 检索结果解读数据名称：…;（三）Gene Indices;三、EST数据分析方法随机挑取;去除低质量的序列（如使用Phr;EST数据预处理流程;聚类目的：将来自同一个基因或同;PhrapCAP3TIGR A;4种ESTs聚类和拼接软件比较;???四）序列注释和分析一级序列同;第三节 基因表达系列分析Ser;一、SAGE技术原理简介基因表;SAGE技术原理;二、SAGE技术方案构建SAG;反转录酶切连接测序单条测序相当;三、SAGE技术应用前景全基因;四、SAGE数据库与分析软件1;1. NCBI SAGE数据库;GEO数据库查询：在Entre;GEO数据库查询: 在GEO主;例：查询GDS325数据集的结;数据记录的相关信息Expres;表达谱信息分析工具样本子集;GEO数据分析Find gen;Find genes Clus;Experiment desi;GEO数据提交与更新创建GEO;2. SAGEnetSAGEn;http://www.sage;3. The MOUSE SA;（二）SAGE分析软件 ;SAGE300与sagenet;ATCG从标签序列来构建基因表;使用ATCG进行在线的SAGE
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