第四章核酸序列-1资料.ppt

第四章 DNA序列分析;1 如何查询下列文献：Wan, Y. and Lemaux, P.G.. Generation of large numbers of independently transformed fertile barley plants. Plant Physiol. 1994 ,104: 37–48.;序列分析其实就是从已知蛋白质、RNA、DNA序列作出生物学推论的过程。;主要内容;§4.1 引 言;一、DNA序列分析的意义;二、基因结构与功能简介;真核生物基因结构;序列一般性分析 基因识别与鉴定 非编码区分析及调控元件识别;§4.2 DNA序列的一般分析;华北制药集团的谈杰创建的一个非常有用的生物信息学资源网站。 /index.html;各种生物信息学软件;法国巴斯德研究所：http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py#forms::revseq;NCBI网站：/guide/all/#tools;EBI网站：http://www.ebi.ac.uk/;序列统计包括核酸序列基本指标的计算：分子质量、GC百分含量、融合温度（Tm值，又称退火温度）、摩尔消光系数等。可通过一些常用软件如JaMBW软件包中的一个小工具Oligo Calculator、BioEdit、DNAMAN等进行综合计算。;JaMBW是一个分子生物学软件包，功能包括：序列格式转换、求序列的补体序列与逆序列、将DNA序列翻译成蛋白序列、序列分析、 多序列比较、特征位点查找、3维分子结构查看、PCR引物设计、缓冲液设计等功能，包含了分子生物学研究常用的一些操作。JaMBW是一个非常出色的工具软件。;;;计算结果：;;ReadSeq是目前最流行的格式处理软件之一。是美国印第安那大学的Don Gilbert开发编制的。 支持23种序列格式的转换，几乎囊括了目前所有的一级序列格式。;选择输出格式;EMBL格式;2 互补与反向序列格式转换;粘贴序列;要求填写E-mail地址;填写验证码;互补反向链;同时转换多条序列;;;许多程序对DNA序列一次进行全部6个阅读框的翻译。;Transeq主页;翻译结果（6框架）;程序之二： ExPASy的Translate Tool /tools/dna.html 特点： 1）程序简单，没有太多的可选项，运行速度快。 2）一次翻译双向6条蛋白质序列。 3）输出结果较Transeq清楚，不仅将终止密码子用Stop英文单词表示，还将起始密码子以MET标记出来 ;Translate Tool主页;Translate Tool翻译结果;程序之三： NCBI的ORF finder /gorf/gorf.html 特点： 1）输入序列只能是Fasta格式?? 2）输出结果以图形化表示，并将核酸序列与氨基酸序列同时排列出来。 3）可将结果直接用Blast进行序列数据库搜索比对。 ;ORF Finder主页;ORF Finder 翻译结果;;四、序列的限制性酶切分析;5’AAGCTT3’ 3’TTCGAA5’;限制性内切酶数据库REBASE查询;;限制性内切酶分析软件： NEBcutter 该程序是与REBASE整合在一起的免费限制性内切酶分析软件;REBASE 主页;NEBcutter工具;NEBcutter工具主页;线性表示的酶切结果;环形表示的酶切结果;五、载体绘制;作为载体应满足以下几方面的要求：;载体分类;各种基于本地机和Web在线设计的载体作图软件都比较多。;;;;本地机安装软件Winplas2.7;七、引物设计;一个优化的寡核苷酸引物在设计过程中应考虑的几个基本问题：;5）引物内部稳定性 在DNA测序和PCR中最好用5′末端稳定（GC含量高一些)，而3 ′末端不太稳定（AT含量高一些）的引物。;1）Oligo 6 　　Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件。（也需要注册） ;Web在线引物设计程序;Primer3 主页;引物参数设置;探针参数设置页面;引物设计输出结果;作业：;The end !