计算化学140917课题.ppt

计算化学;第一章 计算模型;两者的共同点是： 1. 计算分子的能量，分子的性质可以根据能量按照一定的方法得到。 2. 进行几何优化，在起始结构的附近寻找具有最低的能量的结构。几何优化是根据能量的一阶导数进行的。 3. 计算分子内运动的频率。计算依据是能量的二阶导数。;1.1 计算化学概述;电子结构理论;密度泛函(Density Functional Methods);1.2 化学模型(Model Chemistries);Gaussian 包含多种化学模型(计算方法)，比如 Gaussian 关键词 方法 HF Hartree-Fock 自恰场模型 B3LYP Becke型3 参数密度泛函模型，采用Lee-Yang-Parr 泛函 MP2 二级Moller-Plesset 微扰理论 MP4 四级Moller-Plesset 微扰理论 QCISD(T) 二次CI;基组 基组是分子轨道的数学表达，具体见第七章;化学模型的应用;A.化学模型的可计算性;模型建立的步骤; 几何结构来自同一体系能量差值， 容易比较， 因此几何结构的优化一般都比较准确 ; 分子的稳定构形;计算稳定构形的热化学数据;C. 分子的各种谱图;用NICS度量环的芳香性;D. 化学反应机理;计算过渡态注意事项;E. 分子中的化学键;前线轨道（HOMO, LUMO);第二章 GaussView 使用简介 ;一 简介;除了可以自己构建输入文件外，GVIEW 还可读入CHEM3D，HYPERCHEM 和晶体数据等诸多格式的文件。从而使其可以于诸多图形软件连用，大大拓宽了使用范围（详见下图）;GVIEW 的界面及主要功能键的介绍;第一行为菜单栏:;Edit: 在这里可以完成对分子的剪且，拷贝，删除 和抓图等。 Atom List,显示当前分子的内坐标，笛卡儿坐标，分数坐标等。 Point Group 可以显示当前分子的点群及可能有的点群。 PBC 显示晶体文件（可以将CIF 文件转换为图形，在点PBC 按钮后所给并的对话框中根据选项调节具体显示的格式。 Mos 用于显示分子轨道（只有检查点文件，此选项才能给出分子轨道图。 Symmetrize，对当前体系进行对称性控制。;View 这里面的选项都是于分子的显示有关的，如显示氢原子，显示键，显示元素符号，显示哑原子显示坐标轴等;Calculalte：;Result ：显示计算的结果，包括电荷，静电势表示的表面，振动频率，核磁，势能面扫描，优化等。注意有些结果只能用检查点文件才能显示。;构建一个间氟苯乙烷分子并从GVIEW 里递交计算;(2)．双击窗口中的 图标，得到如下窗口里面有常用的环状官能团。选中苯环（单击即可选中）;(3).在当前工作窗口（打开GIVEW 时程序自动打开一个工作窗口，如下图）也可通过File-new 路径新建一个工作窗口在这个窗口中点鼠标左键窗口中就会出现苯分子，见下图;;但要注意此时仅是元素符号发生了改变，C-F间的距离仍是C-H键的距离。需要用键长工具进行调整。单击GVIEW界面 图标。 然后再点击工作窗口中的C原子和F原子，看到被选中的两个原子于周围的原子再亮度上有差异 ;;(7).在工作窗口内空处点左键;;再单击GVEW界面上 图标，根据实际键长将两个C原子联起来。;（9）．查看分子的对称性从Edit-Point group路径可以查看所构建分子的点群。点击Point group后，出现如下窗口：;;（11）．向GAUSS递交计算。点GVIEW界面上Calculation 中的Gaussian;会出来一个递交计算的对话框。从所给的对话框中可以选择工作类型Job Type（如优化，能量或频率等）;计算方法Method（如半经验方法，HF方法，DFT方法，MP方法等，还可以选定基组;Title(对所要做的计算给一个说明，以备以后的查看) Link 0（给检查点文件命名，还可以在此用RWF命令设置临时数据交换文件的大小）；General,Guess,（这两个选项主要是给出体系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测）；NBO（可在此设定NBO计算）,PBC（可在此设定晶体的有关计算）, Solvation（可在此设定溶液中的计算，除了选择溶剂外，还要选择模拟溶剂的理论模型）;3．构建分子中的注意事项 在构建分子前，应对分子的键长，键角和点群等有一个详细的了解。这样在构建过程中才能更好的把握细节，如构建大分子时，各个集团间的键长，键角和二面角一定要给的准确。以我的经验而言，相当一部分的错误（如SCF不收敛，1502报错等）都是分子建模不合理造成的。分子模型不合理导致程序根据分子模型所得的薛定鄂方程不合理，也就导致了对方程的解不能顺利完成，所以报错。对于