二代测序及应用-郭孝欢.pptxVIP

二代测序及应用;二代测序简介;二代测序技术的起源与发展;测序设备发展现状;5;测序仪品牌;测序原理的本质; 454 生命科学公司（被Roche收购）所研发的新一代测序平台——基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统Genome Sequencer 20System ， 被《Nature 》杂志以里程碑事件报道， 开创了边合成边测序（sequencing-by-synthesis）的先河。 ;工作流程;10;5）携带DNA的捕获磁珠随后放入PTP 板中进行后继的测序。PTP 孔的直径只能容纳一个磁珠。 6）放置在四个单独的试剂瓶里的四种碱基，依照T 、A 、C 、 G 的顺序依次循环进入 PTP板，每次只进入一个碱基。如果发生碱基配对，就会释放一个焦磷酸。这个焦磷酸在ATP 硫酸化酶和萤光素酶的作用下，经过一个合成反应和一个化学发光反应，最终将萤光素氧化成氧化萤光素，同时释放出光信号。此反应释放出的光信号实时被仪器配置的高灵敏度CCD捕获到。有一个碱基和测序模板进行配对，就会捕获到一分子的光信号；由此一一对应，就可以准确、快速地确定待测模板的碱基序列。多余的dNTP被apyrase清除。 7）此反应释放出的光信号实时被仪器配置的高灵敏度CCD 捕获到。 ;12;14;测序流程;通过不断循环，将会在Flow cell的固相表面上获得上百万条成簇分布的双链待测片断(6);14 ;测序仪通过捕获荧光信号， 通过计算机软件将光信号转化为测序峰，从获得待测片段的序列信息;杂交的测序 引物 ;20;读取碱基序列 ;测序流程 回顾 ; Ion Torrent（ 2010年10月4日被Life Technologies宣布收购）已经发布了一个商业化的仪器——1个新的半导体芯片——直接将化学信号转换成数字信号。该仪器的第一个技术应用就是进行DNA测序。;Ion Torrent测序原理;该芯片灰色的椭圆形区域包含着一百多万个半导体微孔，这些微孔接受并记录测序的反应结果。;Ion Torrent测序流程示意图;;32;三种平台的技术差异;组装原理;应用;Wilson MR1, Naccache SN, Samayoa E, et al.Actionable Diagnosis of Neuroleptospirosis by Next-Generation Sequencing.N Engl J Med. 2014 Jun 4;K. Michailidou, et al. Genome-wide association analysis of more than 120,000 individuals identifies 15 new susceptibility loci for breast cancer.Nature Genetics .2015;Huang, J. and X. Lu, et al. Transcriptome Characterization and Sequencing-Based Identification of Salt-Responsive Genes in Millettia pinnata, a Semi-Mangrove Plant. DNA Research 19.2012;