Mega软件的使用1要点.docVIP

MEGA软件的使用 Mega软件输入数据的格式 Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。 首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。 7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例： Fig 其次，如果输入数据是遗传距离矩阵，则要求如下：1）前4点要求同对上述DNA序列的要求相同；2）在每个距离矩阵的名字之前应该有一个“#”，每个名字占一行；先列出距离矩阵的名字，然后再给出距离矩阵；3）距离矩阵有两种形式，下三角和上三角。下边是一个数据文件示例： Fig 下图是距离矩阵的示意图，左边是下三角矩阵，右边是上三角矩阵。 Fig 再次，如果数据是测序图谱的形式，直接导入即可。下图是测序图谱示例： Fig MEGA界面及操作 Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。 1、数据的录入及编辑 Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。 首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面： Fig 单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单： Fig 从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单： Fig 浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面： Fig 此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Sequences（蛋白质序列）、Pairwise Distance（遗传距离矩阵）。根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK”即可。如果选择“Pairwise Distance”，则操作界面有所不同；如下图所示： Fig 根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix”即可；如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix”即可。点击“OK”按钮，即可导入数据。如果是核苷酸数据，则读完之后，会弹出如下对话框： Fig 如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则选择“Yes”按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，则点击“No”按钮。之后，会弹出如下操作窗口： Fig 此作界面的名称是“Sequence Data Explorer”，在其最上方是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等，然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称。显示序列占了操作界面的绝大部分，与第一个序列相同的核苷酸用“.”表示，发生变异的序列则直接显示。 如果在弹出的对话框中，点击“OK”，即选择输入的数据是编码蛋白质的DNA序列。那么会再弹出如下对话框： Fig 此操作界面提供了多种生物的遗传密码方式的选择，如Vertebrate Mitochondrial（脊椎动物线粒体）、Invertebrate Mitochondrial（非脊椎动物线粒体）、Yeast Mitochondrial（酵母线粒体）等等。 点击此操作界面的“Add”按钮，可以添加密码子表格，其编辑界面如下图所示：