第八章合成生物学-11-7.ppt

合成生物学(Synthetic biology)(概念、原理、应用) 马飞 人工染色体(技术) BAC(细菌人工染色体)：Bacteria… 以细菌作为对象，将DNA片段与质粒重组后转入细菌中繁殖 YAC(酵母人工染色体)：Yeast… 以酵母作为对象 PAC(噬菌体人工染色体)：Phagemid… 以噬菌体作为对象 TAC(可转化的细菌人工染色体) MAC(哺乳类人工染色体) … 合成生物学应运而生… Synthetic Biology What is Synthetic Biology? Taking an engineering approach to design and applying it to Biology 使用工程策略设计并应用于生物学 What is Synthetic Biology? 1. Biology 2. Chemistry 3. Engineering 4. Re-Writing Biologists Chemists Engineers “Re-Writers” “The code is 3.6 billion years old. It’s time for a re-write.” -Tom Knight Biology “Test models by building them” 合成生物学 指人们将“基因”连接成网络，让细胞来完成设计人员设想的各种任务。 例如把网络同简单的细胞相结合，可提高生物传感性，帮助检查人员确定地雷或生物武器的位置。 再如向网络加入人体细胞，可以制成用于器官移植的完整器官。 人工合成脊髓灰白质炎病毒cDNA 美国纽约大学Wimmer 实验室于2002年报道了化学合成 脊髓灰白质炎病毒cDNA，并用RNA聚合酶将它转 成有感染活力的病毒RNA。 开辟了利用已知基因组序列，不需要天然模板，从化合物单体合成感染性病毒的先河。 Wimmer从装配平均长度为69 bp的寡核苷酸入手，结合了化学合成与无细胞体系的从头合成，用了3 年时间完成了这个划时代的工作。 Venter 实验室发展了合成基因组 Φ X-174 噬菌体基因是单链环状 DNA，是历史上第一个被纯化的DNA 分子，也是第一个被测序的DNA分子。 Φ X- 174 噬菌体对动植物无害，是合适的合成研究对象。 美国Venter 实验室发展了合成基因组的工作， 该实验室只用两周就合成了Φ X-174 噬菌体基因 (5,386bp) 。 Venter实验室的技术改进主要有： (1)用凝胶来提纯寡核苷酸以减少污染； (2) 严格控制退火连接温度来防止与不正确的序列发生连 接； (3)采用聚合酶循环装置来装配连结产物。 合成生物学国际会议 2004 年6 月在美国麻省理工学院举行了第一届 合成生物学国际会议。 会上除讨论了科学与技术问 题外，还讨论了合成生物学当前与将来的生物学风险，有关伦理学问题，以及知识产权问题。 随着这个领域的发展，对于合成生物学的安全性的考虑愈来愈多。 现在不仅通过合成生成病毒，而且已经可以合成细菌。 合成生物学开辟了设计生命的前景 一方面有可能合成模仿生命物质特点的人工化学系统；另一方面也可能重新设计微生物 如Keasling 实验室向大肠杆菌中导入青蒿与酵母的基因，使大肠杆菌能在调节下合成青蒿素，从而显示了有效而价廉的治疗疟疾的前景 合成生物学今后将能生成自然界不存在的新的微生物。 应用示例 Schultz 实验室研究向大肠杆菌蛋白质生物合成装置中添入新组份，使之能通过基因生成非天然的氨基酸，结果取得了成功。但是要在真核细胞做到这一点还有难度。 2003年，Schultz 实验室报道了一种向酵母加 入非天然氨基酸密码子的方法，成功地向蛋白质中导入了5 种氨基酸。 目前，能掺入到蛋白质的非天然氨基酸已有80多种。 今后将可以直接向蛋白质导入顺磁标记、金属结合、光敏异构化等的氨基酸，促进蛋白质结构与功能的研究。 应用示例 Brenner 提出向细胞DNA中掺入天然不存在的碱基来发展人工遗传系统, 支持人工生命形式。 合成生物学也将对生命起源，其他生命形式的研究作出贡献。 控制生命 目前，研究人员正在试图控制细胞的行为，研制不同的基因线路———即特别设计的、相互影响的基因。 波士顿大学生物医学工程师科林斯已研制出一种“套环开关”，所选择的细胞功能可随意开关。 加州大学生物学和物理学教授埃罗维茨等人研究出另外一种线路： 当某种特殊蛋白质含量发生变化时，细胞能在发光状态和非发光状态之间转换，起到有机振荡器的作用，打开了利用生物分子进行计算的大门。 维斯和加州理工学院化学工程师阿诺尔一起，采用“定向进化”的方法，精细调整研制线路，将基因网络插入细胞内，有选择性地促进细胞生长。 发展方向 维