蛋白质的序列及结构预测要点.pptVIP

蛋白质的序列分析及结构预测分析 蛋白序列分析 蛋白结构预测 蛋白质的序列分析 分子量 酶切特性 等电点 分子式 原子总数 负电荷残基数 正电荷残基数 稳定系数 脂肪系数 总平均疏水性等 理化性质 以已知蛋白质序列为例Lyz [Enterobacteria phage P1] 1 mkgktaaggg aicaiavmit ivmgngnvrt nqaglelign aegcrrdpym cpagvwtdgi 61 gnthgvtpgv rktdqqiaad wekniliaer cinqhfrgkd mpdnafsamt saafnmgcns 121 lrtyyskarg mrvetsihkw aqkgewvnmc nhlpdfvnsn gvplrglkir rekerqlclt 181 glvne 相关软件程序 Compute pI/MW：是ExPASy（http://www.expasy.ch/tools/）工具包中的程序，计算蛋白质的等电点和分子量。对于碱性蛋白质，计算出的等电点可能不准确。 PeptideMass：是ExPASy工具包中的程序，分析蛋白质在各种蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物。蛋白酶和化学试剂包括胰蛋白酶、糜蛋白酶、LysC、溴化氰、ArgC、AspN和GluC等。 以ExPASy软件为例基本理化性质分析 氨基酸数量185 等电点为9.19 氨基酸组成 分子式和总原子数 疏水性分析 疏水性分析图 以0为界，上面的正值表示疏水性，负值表示亲水性 酶切特性预测 蛋白质结构预测分析 蛋白质的结构通常包括4个层次： 一级结构，即氨基酸的排列顺序 二级结构，主要是由氢键维持的α-螺旋和β-片层 三级结构，完全折叠好的蛋白质空间结构 四级结构，多个蛋白亚基组成的蛋白复合体结构 不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。 目前一级结构和二级结构的分析已经得到了充分研究 三级结构的预测较为困难：最理想的方法是对蛋白质结构数据或相关资源进行同源性检测 近年来出现了一些新的方法可以直接从一级结构到三级结构 研究现状 介绍几个二级结构概念 Alpha helix ：α螺旋 Extended strand (Ee)：延伸链或伸展链。主要是位于α-螺旋和随机卷曲之间结构。 Random coil (Cc)：随机卷曲 利用HNN软件进行二级结构预测方法 网址：http://npsapbil.ibcp.fr/cgibin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_hnn.html 上述分析结果 10 20 30 40 50 60 70 | | | | | | | MKGKTAAGGGAICAIAVMITIVMGNGNVRTNQAGLELIGNAEGCRRDPYMCPAGVWTDGIGNTHGVTPGV cccccccchhhhhhhhhheeeeeccccccccccceheecccccccccccccccccccccccccccccccc RKTDQQIAADWEKNILIAERCINQHFRGKDMPDNAFSAMTSAAFNMGCNSLRTYYSKARGMRVETSIHKW ccchhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhhhhhhhhhhhcchhhhhhhhhhccccchhhhhhhh AQKGEWVNMCNHLPDFVNSNGVPLRGLKIRREKERQLCLTGLVNE hcccceeehhcccccccccccccccchhhhhhhhhheeecccccc 各二级结构所占比例 HNN : Alpha helix (Hh) : 77 is 41.62% 310 helix (Gg) : 0 is 0.00% Pi helix (Ii) : 0 is 0.00% Beta bridge (Bb) : 0 is 0.00% Extended strand (Ee) : 14 is 7.57% Beta turn (Tt) : 0 is 0.00% Bend region (Ss) : 0 is 0.00% Random coil (