01章—化学中常用的计算机软件与网络资源研讨.pptVIP

wire frame ball and stick　 CPK WebLab Viewer 由Origin生成的二维及三维图形 用PC Spartan计算的丙烷的电子密度图 用HyperChem计算的甲醛的HOMO Gaussian是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学程序，功能 强大，计算内容十分广泛。可以模拟气相和溶液中的体系，基态和激发 态,还可以对周期边界体系进行计算。 Gaussian是研究诸如取代效应、 反应机理、势能面和激发态的有力工具。 功能 几何优化,过渡态,反应路径,红外频率 分子计算的广泛性和准确性 紫外-可见光谱,极化率,拉曼强度,范德华分散系数,手性分子的光学性质,NMR,自旋-自 旋耦合,g-张量,磁/电超精细张量,红外频率和强度,多极矩. 模拟溶剂,蛋白质和其他环境. 图形用户界面 显示多种输出结果:Kohn-Sham轨道,变形密度,静电势,模拟光谱,优化过程描述,分子轨 道相互作用图. 利用BAND研究聚合物和固体 均相和非均相催化,态密度,势能面分析,键合分析,Mulliken分析,电荷密度分析,碎片分析 研究态密度降解… 使用相对论方法,特别适用于处理重核. 分析 由碎片构建分子 ,键能分析,高级电荷密度和键级的分析 效率,大分子的处理 针对于共享内存和分布内存体系,如Linux集群,ADF的大部分都进行了有效并行化.对于大多数的标准计算,包括NMR,分析Hessian和TDDFT计算,ADF可以非常好的进行并行缩放. ADF还利用这样一个事实-距离较远的原子无相互作用.对于计算中最耗时的部分,此举将大大削减计算时间. 密度拟合过程降低了库仑势能评估的计算成本,利用冻核近似,可以大大缩减带有重核体系的计算时间. QM/MM Jaguar Jaguar是快速进行从头计算的程序，为加速基本的和应用型研究项目，以及使更高理论水平的计算成为可能而设计。 势能面 提供反应物,产物,过渡态的反应坐标;提供在内坐标中带有各自 变量的势能面. MOLCAS给出的势能曲线可以精确的计算分子性质， 比如键长、能量和电子光谱。 能够计算分子的电子吸收谱， 包括化合价、和混合态。 研究所有化学领域的反应机理 MOLCAS 多组态的量化计算，特别适合激发态，过渡态的研究，含源码 化学吸收体系或金属表面的化学反应 片段轨道组成分子轨道 J. AM. CHEM. SOC. 2005, 127, 3184-3190 超分子 催化剂 Organometallics 2004, 23, 2651-2657 [MeB(C6F5)3]- L2MMe+ (M = Ti, Zr) 氢迁移 磁性材料 J. Phys. Chem. A 2006, 110, 5096-5101 [Cr[CNMn(salen)(H2O)]6]3+ [(5-Brsalen)2(H2O)2Mn2Cr(CN)6] 功能材料的电子性质和稳定性 Inorg. Chem. 2005, 44, 100-107 并行计算，波函和能量，平衡计算，溶剂计算 速度 速度快,处理更大的体系,而不必将复杂体系人为的简单化,保证 体系构型的真实性. 精确度 Jaguar的表现能使更高级的理论方法得以实施,会得到更精确 的能量和性质.应用自恰反应场能处理溶剂化效应. 化学性质 NMR,IR,Pka,部分电荷,多耦极矩,极化率,分子轨道,电子密 度,静电势,Mulliken布居,NBO 分析... Jaguar的快速计算引擎允许用户探讨真实世界中的实际问题，它在一个合理的时间周期内可以研究比以往更大的巨型体系，或者可以研究比以前更多的体系。在足够短的时间内与快速研究环境相结合达到化学要求的准确度。 JAGUAR * 计算化学 * 化学中常用的计算机软件与网络资源 化学中的常用软件 分子结构绘图软件 科学计算和数据处理软件 文献管理 图谱解析 计算机辅助教学 量子化学计算 网络上的化学资源 化学化工综合网站 网上数据库 化学化工信息源 Internet上的免费专利资源 教育网内免费化学资源 Origin ChemWindow Chem office 化学中的常用软件 分子结构绘图软件 描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、 简单的实验装置图等化学常用的平面图形的绘制。 二维图形软件： ChemDraw(Chemoffice), ChemWindow：商业软件/ / 图例： ISIS Draw, ChemSketch：