计算机模拟结题试题.pptxVIP

密度泛函与从头算在HA掺杂中的应用 计算机分子模拟 计算机分子模拟是以计算机及计算机技术为工具和手段，运用计算数学的方法，解决复杂物理、化学、生物等问题的一门应用科学。计算机分子模拟为复杂体系的规律和性质的研究提供了重要手段，对相关学科的发展起到了巨大的推动作用。 一、什么是计算机分子模拟？ 计算机分子模拟 计算机模拟对理论而言， 它所依据的理论原理和数学方程式有理论提供的，其结论还需要理论来分析检验； 为理论研究提供计算数据及进行复杂数值解的方法和手段。 二、计算机模拟与理论、实验的关系 计算机模拟与理论和实验相互联系，相互依赖，相辅相成。 计算机模拟对实验而言， 它所依赖的数据是由实验提供的，其结果还要实验来分析检验； 对实验数据的分析，可以模拟实验过程。 计算机分子模拟 计算机模拟方法是连接理论与实验的桥梁，常常称其为“计算机实验”。 实 验 理 论 计算机模拟 计算机分子模拟 实验 理论 计算机 计算 指导实验 解释实验 指导理论 验证理论 产生数据信息 模拟实际过程 指导实验 分析数据信息 控制实验仪器 提供方程组 解释结果 指导理论 精确计算 大尺度计算 计算机分子模拟 美国著名的洛斯阿莫斯科学实验室的专家率先在世界上模拟生命中的一个基本遗传过程——活细胞中有超过100万个原子参与的蛋白质“组装”，为此科学家动用了一台全球最大功率的计算机。 计算机分子模拟 计算机分子模拟 计算机分子模拟的工作流程 具体问题 物理、化学模型 数学模型 分析计算结果 上机计算 编制算法程序 计算机分子模拟 对具体问题进行分析，要抓住问题的主要矛盾和矛盾的主要方面，进行各种必要的近似，建立物理、化学模型。 数学建模是利用数学语言模拟物理模型。把物理模型抽象、简化为某种数学结构是数学模型的基本特征。 物理、化学模型 数学模型 计算机分子模拟 计算方法的选取应以物理、化学机理为背景，以能否正确反映微分方程所描述的物理、化学现象为依据。实际上应包括逻辑设计和程序编制两大部分。 实际上应包括程序调试和正式计算两步。考察程序正确性时一定要有检验数据作对比，任何疏忽大意都意味着整个过程的失败。 首先要对计算出的结果的合理性和可信性作出判断，其次要对结果作出物理解释。 算法程序阶段 上机计算阶段 结果分析阶段 计算机分子模拟 计算机分子模拟 一般说来， 物质的物理性质不涉及到原子内部的变化， 而化学性质则伴随着原子间电子的相互转移。 宏观物质 分 子 化学性质 原 子 原子核 电 子 物理性质 计算机分子模拟 计算机分子模拟 只有量子力学才能描述原子核与电子的运动规律，分子计算科学最底层的层次就是量子力学层次，它也是其他更高层次计算的基础。 计算机分子模拟 对于较大的体系，可以不考虑电子的变化，将电子和原子核（原子）看成一个整体对待。 计算机分子模拟 如果计算的出发点是原子或分子间的相互作用力，而不考虑原子内部的变化， 则称该层次为原子分子层次， 这一层次的计算一般都基于统计力学，所以又称之为统计力学层次。 计算机分子模拟 另外，由于大分子(包括聚合物和生物大分子) 以及某些相对稳定的分子聚集体(如胶体) 的性质既不同于小分子也有别于连续的宏观物质，而这类物质无论在自然界还是对于人类生产实践都具有特别重要的意义， 通常将这一层次称为介观层次，即介于原子分子层次和宏观层次之间。 计算机分子模拟 MM 将对象层次化使得研究在各个层次上分别展开， 但层次间显然是相互关联的，如何描述这种关联— 即在较低层次中的变化在较高层次中以何种方式得以体现 — 就是对接技术( bridging techniques) 的任务。 QM 计算机分子模拟 量子力学层次 统计力学层次 介 观 层 次 宏 观 层 次 对 接 技 术 计算机分子模拟 相对于量子力学层次和统计力学层次，介观层次和对接技术还处于起步阶段。 计算科学 计算机分子模拟 ②直接通过计算机模拟预测物质性质。有些苛刻的条件目前的实验技术难以达到(如地球物理化学中的高温高压)，而有些性质无法通过实验测定(如长链烷烃在其临界点以下就会裂解，因而无法测定临界点) ，此时分子模拟却可大显身手。 ③借助计算机模拟能系统地研究微观作用对宏观性质的影响， 从而