核酸序列2试题.ppt

1. 打开bl2seq程序 4. 比对结果 2. 参数设置 3. 完全比对 4. 结果输出 5. 结果解读 ORF识别 启动子及转录因子结合位点分析 重复序列分析 CpG island 3′UTR区 4.3.2 ORF识别及其可靠性验证 开放阅读框（open reading frame, ORF）：从mRNA 5?端起始密码子AUG到3?端终止密码子之间的核苷酸序列，各个三联体密码连续排列编码一个蛋白质多肽链，称为开放阅读框。 1. 提交序列 ORF Finder预测结果 选取预测的ORF 4.验证参数设置 5.结果解读 BLASTP比对结果描述 4.3.2 启动子及转录因子结合位点分析 启动子（ promoter ）：位于基因上游，与RNA聚合酶识别、结合并起始转录有关的DNA序列。 转录因子（transcriptional factor, TF）：能识别并结合启动子核心序列，直接或间接参与转录起始复合体的形成的蛋白因子。 考核操作题（四） 在NCBI核酸数据库中查找并下载AY999078、 AY999077、AY216767三个基因cDNA序列，并进行如下操作（10分）： 1.在命名为基因登录号.txt的文件中，以FASTA格式分别保存上述三个基因cDNA序列; 2.对上述三个基因cDNA序列进行多序列比对分析，在word文档中先报告每个基因cDNA序列的长度，再附上Clustal X比对文件窗口。 RDGV S8 gene ORF Finder主界面 RDGV S8 gene 2. 参数设置 ORF识别网址：/projects/gorf/ 3. 预测结果 BLASTP查询界面 BLASTP比对结果总览图 Promoter Scan 界面 启动子预测网址：/molbio/proscan/ Human 78 kdalton?glucose-regulated?protein?(GRP78) gene Promoter Scan 预测结果 启动子阈值 与该启动子可能结合的转录因子 序列比对（sequence alignment）指将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。序列中可以插入间隔（通常用短横线“-”表示）。对应的相同或相似的符号（在核酸中是A, T或U, C, G，在蛋白质中是氨基酸残基的单字母表示）排列在同一列上。 序列比对常用于研究由共同祖先进化而来的序列，特别是如蛋白质序列或DNA序列等生物序列。在比对中，错配与突变对应，而空位与插入或缺失对应。 4.2.1 BLAST比对 BLAST主页/Blast.cgi 各个序列比对的详情 4.2.2 双序列比对 举例：RDGV基因组S8片段的中国广西分离物（DQ364683）与泰国分离物（NC_009241）序列之间是否相关？ /Blast.cgi 2. 提交序列 3. 参数设置 序列比对的点矩阵示意图 目的序列 参考序列 比对信息 4.2.3 多序列比对 多序列比对(Mutiple Alignment)软件：Clustal X 1. 载入序列 note：存储的文件路径及名称不能含有中文。 Clustal X载入序列界面 双序列比对参数设置 完成比对输出设置 比对完成界面 Clustal X比对文件窗口