bioinformaticsnew(5.28).docVIP

PAGE PAGE 10 1 前言 对蛋白结构与功能的研究，传统的方法如 X 射线晶体衍射方法、核磁共振技术等费时费力，从而使利用生物信息学软件对已知序列的蛋白质分子空间结构,包括从氨基酸序列到蛋白质三维结构的编码关系,和功能的预测是分子生物学领域中最具挑战性的课题。 细胞核膜SUN结构域蛋白matefin/SUN-1是CED-4的核膜受体。研究结果证实matefin/SUN-1能与CED-4结合，并且是CED-4转移位置、定位在核膜所必须的。在利用RNAi技术来下调matefin/SUN-1表达后，线虫的细胞凋亡数目明显减少——这进一步揭示出Matefin/SUN-1在细胞凋亡过程中的作用[1]。 本文应用各种相关软件对SUN-1蛋白的结构和功能，进行初步预测, 对SUN-1蛋白的一级结构、二级结构、特殊结构、同源性和结构功能域等方面信息进行综合分析，预测SUN-1蛋白的三维结构,期望能更深入了解该蛋白在减数分裂中与端粒的相互作用，为实验研究SUN-1蛋白的结构和功能提供理论依据。 2 材料与方法 2.1 材料 在美国生物信息中心(NCBI)蛋白质数据库[2]，检索出SUN-1蛋白，其蛋白质氨基酸序列FASTA文件格式如下： giref|NP_341911.1| Sun (fmu) protein (sun-1) [caenorhabditis ele