第三章分子动力学基础与分子动力学模拟分解.pptVIP

3.1分子动力学的基本原理及特点 分子动力学模拟的基本原理： 建立一个粒子系统来模拟所研究的微观现象，系统中各粒子之间的相互作用根据量子力学来确定。 对符合经典牛顿力学规律的大量粒子系统，通过粒子动力学方程组的数值求解，决定各粒子在相空间的运动规律和轨迹。 然后按照统计物理原理得出该系统相应的宏观物理特性。 2.分子动力学模拟的基本步骤 在计算机上对分子系统的MD模拟的实际步骤可以分为： 首先是设定模拟所采用的模型； 包括几何建模，物理建模，化学建模，力学建模。 给定初始条件； 初始条件的设定，这里要从微观和宏观两个方面进行考虑。 计算 是体现所谓分子动力学特点的地方，包括对运动方程的积分的有效算法。对实际的过程的模拟算法，关键是分清楚平衡和非平衡，静态和动态以及准静态情况。 分析 需要从以上的计算的结果中提取年需要的特征，说明你的问题的实质和结果，因此关键是统计、平均、定义、计算，比如温度、体积、压力、应力等宏观量和微观过程量是怎么联系的。 模拟模型的设定 假定两个分子间的相互作用势为硬球势，其势函数表示为 3.2 平衡态分子动力学模拟 经典MD模拟方法的应用当中，存在着对两种系统状态的MD模拟。 一种是对平衡态的MD模拟，另一类是对非平衡态的MD模拟。 对平衡态系综MD模拟又可以分为如下类型：微正则系综的MD（NVE）模拟，正则系综的MD（NVT）模拟，等温等压系综MD（NPT）模拟和等焓等压系综MD（NPH）模拟等。 1、基本运动方程 2.典型势函数 3.2.2 典型势函数 (1).偶对势函数 (3). Stillinger-Weber作用势 3.2.3 求解方法 根据给定的边界条件和初始值，求解方程组（3-5）至（3-10）就可求得各个粒子在6n维相空间的运动轨迹，然后再由统计理论得到该物理系统的客观特性。求解n个粒子的方程组计算工作量大，为了简化计算，一般采用每步只计算一次力的单步算法，这样可以使计算省时、稳定和高精度。设粒子系统具有下列形式的初值 分子动力学模拟计算 求解方法 以一个一维谐振子为例，其经典哈密顿量为 一步法： 两步法 泰勒展开式的一般形式： 二步法：所得的坐标和动量的递推公式分别为： 截断半径法是为了克服计算繁杂，耗费机时而引入的一种处理方法。其特点是预先选定一个截断半径rc只计算以截断半径为球体内的粒子间的作用力，而与粒子之间的距离超过截断半径时，则不考虑它们的作用。同时，系统中粒子数量很大时，还可以利用邻域列表法判断粒子的分步情况，进一步节省机时。Verlet算法的邻域列表法如图所示 3.2.4 边界条件与初值 由于计算机的运算能力有限，模拟计算系统的粒子数不可能很大，这就会导致模拟系统粒子数少于真实系统的所谓“尺寸效应”问题。 为了选取尽可能多的粒子数而又不至于使计算工作量过分庞大，在统计物理中，对于平衡态分子动力学模拟计算引用三维周期边界条件。 3.3 非平衡态分子动力学模拟 基本方法是通过对模拟系统施加扰动，利用系统的自然波动出现的响应，求解时间相关函数的粘度等输运特性。这种模拟属于非线性相关系统的模拟，广泛应用于液体剪切流动模拟中。 粘度是润滑薄膜摩擦行为中最主要的特性。计算剪切粘度的计算方法有均匀非平衡态模拟和非均匀平衡态模拟。二者的主要区别在于引起系统扰动的方法不同，从而周期边界条件不同。 2.非均匀非平衡态分子动力学模拟 5.量子分子动力学方法 如激光加工、材料制造中的激光控制及激光冷却的进展，使得有必要分析和考虑带电粒子(电子、核)与光电场之间的相互作用中的非平衡现象，这些相互作用具有量子及热能水平上的特征； 假设原子系统简单地由离子及电子组成，而离子是一个含一定数量电离能的封闭壳(如下图) ，离子的动能可通过分于动力学方法预测出，而电子的波函数则由时间依赖型Schrodinge方程求得，这种简化方法通常称为Borm-Oppenheimer近似。 思考题 分子动力学模拟适用于对什么体系进行描述？ 分子动力学的基本原理是什么？分子动力学理论有哪些特点？存在的主要问题是什么？ r1 rc 1 2 3 4 5 6 7 rc : 截断半径； r1 : 邻域半径 如粒子1受的力只计算粒子2，3，4的作用力之和；而与粒子之间的距离超过截断半径时，则不考虑他们的作用（如5，6对1）。 计算过程中每隔一定步数需要更新邻域表：即模拟计算的开始阶段，固定更新邻域表的步数为10到20步；此后计算采用自动调整法更新后rc内粒子与1间距的变化；当粒子5，6与1的距离 rc或粒子7与1的距离 r1时，需要更新邻域表。 图3-2. 周期边界条件 （阴影区为采样区） 模拟系统粒子数与真实系统存在“尺寸效应”问题。