基因网络的重构课件.doc

基因调控网络的重构及病毒感染的致病机制 摘要 一个基因的表达受其他基因的影响，而这个基因又影响其他基因的表达，这种相互影响相互制约的关系构成了复杂的基因调控网络。几乎所有的细胞活动和功能都受基因网络调控。本文通过对基因调控网络的重构来推测出病毒感染的致病机制。 由于所给的基因表达谱数据海量，所以首先对基于时间序列给出的272组基因表达谱数据进行降维处理。为了减小噪声以及缺失值度对实验精度的干扰，在实验前剔除四组噪声较大或有缺失的数据。对数据进行降维具体采用聚类分析法：首先将8个健康志愿者的基因表达谱数据导入SPSS中，对数据进行K-means聚类，将11966个基因聚为20类，分别找出与各聚类中心距离最小的基因将其作为特征基因。找出20个特征基因为（6002_at,5042_at,23378_at,54440_at,667_at,6192_at,84663_at,10098_at,2671_at,3117_at,157680_at,1372_at,83440_at,54915_at,25880_at,8846_at,10321_at,7503_at,8678_at,9582_at）。 对于问题一运用线性组合模型。对于经聚类分析处理所得的20个特征基因，分别写出它与其他特征基因以及包括其本身的线性回归模型。基于特征基因的基因表达谱数据利用MATLAB求出其相关系数矩阵，进而判断各基