GMX步骤解释2.docxVIP

科研笔记1：Gromacs安装以前跑MD都是用NAMD软件包，今天开始正式使用Gromacs软件包。在安装过程中看了网上很多的安装方法，其实大部分都已经过时，这里专述一文，帮助大家入门。第一步：下载最新版本的Gromacs软件包，比如2014.4.3最新正式版本是gromacs-4.6.5.tar.gz。注意：由于4.6.x及其以上版本和4.5.x及其以下版本使用的安装方式完全不同，4.6.x使用CMake（Cross Platform Make）编译，方便很多。参考网站：/Downloads第二步：进行安装按照以下指令：tarxfz gromacs-4.6.5.tar.gzcd gromacs-4.6.5mkdir buildcd buildcmake .. -DGMX _BUILD_OWN_FFTW=ONmakesudo make install参考资料：/Documentation/Installation_Instructions第三步：添加环境变量在我的文件夹里，比如说home/chenqu（举个例子）终端控制台输入：cd ~ls -a?（列举当前目录下所有文件）就能看到文件.bashrc了。vi .bashrc在最后一行添上：export PATH=/usr/local/gromacs/bin:$PATH保存退出wq运行：source .bashrc让PATH路径生效。科研笔记2：如何添加自己的力场参数1GROMACS实例分析1：CO2+H2O体系大部分GROMACS在线指南都是生物体系，但是对于简单的小体系提到的并不多。尽管原理一样，我们还是希望能了解如何自己写简单气体的力场。这里我做一个CO2和H2O混合体系的例子来说明二元混合体系的构建方法，做一个入门指南。目标：计算CO2在水中的扩散系数。第一步：使用Avogadro软件构建一个CO2.pdb。如下所示。如果不会使用Avogadro软件的，可以研究教程http://avogadro.cc/wiki/Category:Tutorials，这里不再赘述。创建完之后如图1所示。???????????????????????????????????????????????图1：CO2.pdb的脚本注意：不要随意去修改pdb的格式，他的格式每列都是有特殊含义的。文本.pdb的坐标单位是angstrom，而文本.gro的坐标默认单位是nm，千万牢记！第二步：创建CO2的力场。其实这部分是初学者最需要学习的。我喜欢建立一个CO2.itp，这样的好处是：清爽简洁。我选择OPLS-AA力场作为主要力场。由于我们最终的.top文件里面需要#include “forcefield.itp”，而forcefield.itp里面又有#include ffnonbonded.itp, #include ffbonded.itp以及#include gbsa.itp，那么在这些力场中，都需要注明自己创建的CO2的各种参数（这些文件都在gromacs-4.6.5/share/top/oplsaa.ff）。首先把ffnonbonded.itp拷贝到自己的文件夹（原gromacs文件夹不要随便改变），然后在最后添加上[ atomtypes ]，我把CO2的碳定义为CO，而把氧定义为OC。貌似ffbonded.itp和gbsa.itp是不需要修改的，只要写在CO2.itp中就行。修改完如图2所示。????????????????????????????????????????????????????????????????????????图2：ffnonbonded.itp的部分脚本其次开始撰写CO2.itp。建议使用GROMACS教程4.5.4版本p.131的模板进行写作。CO2的参数需要根据不同的目的而不同。本例子是为了做扩散系数，参考文献如下：Harris, Jonathan G., and Kwong H. Yung.Carbon dioxides liquid-vapor coexistence curve and critical properties as predicted by a simple molecular model. The Journal of Physical Chemistry 99.31 (1995): 12021-12024.?写完之后的文件请见图3。注意：由于CO2的力场中bonds是固定的，不需要键伸缩力常数。所以我不采用[ bonds ]，而采用[ constraints ]。把CO2.itp、forcefield.itp、ffnonbonded.itp、ffbonded.itp、gbsa.itp和CO2.pdb放在一个新文件夹里面。????????