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《Perl语言入门实战习题》 计算FASTA文件中每条序列的长度； 输入文件，FASTA格式： 注：如果输入文件在windows下产生，在Linux系统下操作时，宜先用dos2unix处理： 用法：dos2unix 输入文件 输出文件： Perl代码： #!/usr/bin/perl -w use strict; unless (@ARGV==2) { # @ARGV 传给脚本的命令行参数列表 dieUsage: perl $0 input.fa out.””，并去除第一个”” while ( my $seq = IN){ # 把序列ID行和序列赋值给$seq my $id = $1 if($seq =~ /^(\S+)/); # 获取序列ID chomp $seq; # 去掉末尾的”” $seq =~ s/^.+?\n//; # 删除第一行 $seq =~ s/\s//g; # 删除序列中的空白字符 my $len = length($seq); # 计算序列长度 print OUT $id\t$len\n; # 输出结果到输出文件 } $/=\n; # 把输入记录分隔符改为默认值 close IN; # 关闭输入文件句柄 close OUT; # 关闭输出文件句柄 计算FASTA文件中每条序列的GC含量； 输入文件同上，输出文件： Perl代码： #!/usr/bin/perl -w use strict; unless (@ARGV==2) {# @ARGV 传给脚本的命令行参数列表 dieUsage: perl $0 input.fa out.gc\n;””，并去除第一个”” while (IN){# $_=IN，把序列ID行和序列赋值给$_，$_= 可以省略不写 my $id = $1 if(/^(\S+)/);# 获取序列ID chomp; # 去掉末尾的”” s/^.+?\n//;# 删除第一行 s/\s//g; # 删除序列中的空白字符 my $GC = (tr/GC/GC/);#计算G或C碱基个数 my $AT = (tr/AT/AT/);#计算A或T碱基个数 my $len = $GC + $AT;# 计算序列非N长度 my $gc_cont = $len ? $GC / $len : 0; #计算GC含量，如果长度为0，GC含量算0 print OUT $id\t$gc_cont\n; # 输出结果到输出文件 } $/=\n;# 把输入记录分隔符改为默认值 close IN; # 关闭输入文件句柄 close OUT;# 关闭输出文件句柄 求反相互补序列； 输入文件同上，输出文件也是FASTA格式 Perl代码： #!/usr/bin/perl -w use strict; unless (@ARGV==2) {# @ARGV 传给脚本的命令行参数列表 dieUsage: perl $0 input.fa out.gc\n;””，并去除第一个”” while (IN){# $_=IN，把序列ID行和序列赋值给$_，$_= 可以省略不写 my $id = $1 if(/^(\S+)/);# 获取序列ID chomp; # 去掉末尾的”” s/^.+?\n//;# 删除第一行 s/\s//g; # 删除序列中的空白字符 $_ = reverse $_; # 序列方向 tr/ATCG/TAGC/; # 序列互补 print OUT $id\n,$_,\n; # 输出结果到输出文件 } $/=\n;# 把输入记录分隔符改为默认值 close IN; # 关闭输入文件句柄 close OUT;# 关闭输出文件句柄 列表信息整合； 输入列表1：序列长度文件 输入文件2：序列测序覆盖深度文件 输出文件：把上述两个列表的信息整合成一个列表，并且最后一行给出汇总结果： Perl代码 #!/usr/bin/perl -w use strict; (@ARGV==3) || dieUsage: perl $0 list1 list2 combine.list\n; # 当命令行参数不是3的时候输出使用说明 my ($infile1,$infile2,$outfile) = @ARGV; # 把命令行参数赋值给输入文件1、输入文件2和输出文件 my %id_len; # 定义一个哈希 open IN1,$infile1 || die$!; # 打开第一个文件句柄 while(IN1){ my ($id,$len) =