分子生物学本4-基因组及基因组学概论解读.ppt

基 因 组 及 基 因 组 学 Genome and Genomics 3 基因组（ Genome） 一、基因组与基因组学概论 二、病毒基因组特点 三、原核生物基因组特点 四、真核生物基因组特点 五、人类基因组特点 一、基因组与基因组学概论 1. 基因组的概念 一种生物或一种遗传系统的所有基因 （遗传物质）的组合 染色体组（chromosome set） 基因组（genome） 2. 基因组的种类与结构特点 （1）种类 类核基因组（nucleoid genome） 即原核基因组（prokaryotic genome） 核基因组（nuclear genome） 即真核基因组（eukaryotic genome） 细胞器基因组（organelle genome） 线粒体基因组（mitochondrial genome） 叶绿体基因组（chloroplast genome） 2. 基因组的种类与结构特点 其他 病毒基因组（virus genome） 质粒DNA（plasmid DNA），又称染色体 外DNA（extrachromosomal DNA） 2. 基因组的种类与结构特点 （2）大小 基因组大小（genome size）一般以单倍体基因组的核酸量来衡量，单位有pg（10-12 g）、Dalton（道尔顿）、bp 或 kb 、Mb等 1 pg = 6.02 x 1011 Daltons = 9.8 x 108 bp 生物的复杂程度与基因组大小的关系 生物的基因组大小及其变化 原核生物的genome size一般都比较小，且变化范围也不大（最大/最小约为20）。细菌基因组一般可含500 ~ 8000个基因。由于原核生物基因组中的非基因DNA（non-genic DNA）的含量较少，因此它们的基因组大小与其所含的基因数目是相对应的 真核生物的genome size一般要比原核生物的大很多，且变化范围也很大（最大/最小可达8万） 真核生物C值佯谬（C值反常现象）（C-value paradox） C值：基因组的大小通常以一个基因组中的DNA含量来表示，称为生物体的C值。 C值矛盾：C值和它进化复杂性之间并没有严格的对应关系 2. 基因组的种类与结构特点 （3）类核基因组和核基因组的结构特点 类核基因组 环状，较小；通常由单拷贝或低拷贝（low-copy）的DNA序列组成；基因排列紧密，较少非编码序列 核基因组 多线状；大小一般要比类核基因组大好几个数量级，且变化范围很大；有大量的非编码序列（重复序列、内含子等） 2. 基因组的种类与结构特点 （4）细胞器基因组 线粒体基因组 在不同类型的生物（多细胞动物、高等植物、原生动物、藻类、真菌）中变化很大 多细胞动物：细小、致密，没有或很少非编码序列 高等植物：复杂、不均一，比动物的大得多 原生动物、藻类、真菌：或偏向于动物型，或偏向于植物型，但又有其各自的独特之处 2. 基因组的种类与结构特点 （5）细胞器基因组 叶绿体基因组 比较均一，85 ~ 292 kb（大部分都在120 ~ 160 kb之内）； 特例：伞藻属（Acetabularia），2000 kb Acetabularia IR: Inverted Repeat SSC: Small Single Copy region LSC: Large Single Copy region 3. 基因组学（Genomics） 把基因组作为研究对象的学科 （1）结构基因组学（structural genomics） （2）功能基因组学（functional genomics） （3）进化基因组学（evolution genomics） 基因组学的三个有代表性“时代” 3. 基因组学 （1）结构基因组学（structural genomics） 以全基因组测序为目标的基因结构研究，弄清基因组中全部基因组中全部基因的位置和结构，为基因功能的研究奠定基础。 其目的是建立高分辨率的遗传图谱、物理图谱、转录图谱（表达图谱）和序列图谱（分子水平的物理图谱） 基因组全序列的测定 ?1995? 流感嗜血菌（Haemophilus influenzae） 1,830 kb 枝原体 Mycoplasma genitalium 580,070 bp，预计有500个基因 1996? 古细菌 Methanococcus jannaschii 1,660