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郑州大学毕业答辩纳观分子动力学源码分析张浩晨体会在世界的很多角落，有一些这样的人们：他们热爱大自然，喜欢生物学；同时，他们关注和熟悉电子计算技术。他们设想着，用抽象的数据在冰冷的电子设备上模拟出另一个鲜活的世界。请不要嘲笑，他们并非无知和狂妄。反而，他们是怀着对大自然规律和法则的真挚敬畏之心，做着自己喜爱的事情。他们比任何人都了解自然力量的伟大，他们比任何人都清楚自然世界里真正有价值的是什么。在电子计算机系统上构建模拟实验动物模拟出整个自然世界数据大爆炸大量生物数据信息Big Data 王学才 PICBTCB Group分子动力学模拟技术始于20世纪70年代末现代计算机硬件的计算能力有限近似力场计算模型仍需要进一步的改进NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）由美国伊利诺依大学的理论和计算生物物理学研究组（Theoretical and Computational Biophysics Group, TCBG）研发并维护分子图像展示软件（VMD, Visual Molecular Dynamics）注册下载软件多种可执行版本，适用各种操作系统软件运行硬件环境操作系统为Windows 7家庭普通版(ID:00346-OEM-8992752-50213) 处理器为Intel(R) Core(TM) i5-2410M CPU @ 2.30GHz内存(RAM)为4.00GB 解压NAMD软件包namd2即为运行分子动力学模拟的计算程序安装运行VMD1按照向导提示安装软件运行Windows命令提示符窗口2打开VMD的运行目录，输入vmd打开软件3图形显示窗口VMD主控制板分子动力学模拟计算原理和软件流程向图形窗口导入PDB文件在VMD的主窗口控制板界面，单击File按钮，选择New Molecule打开Molecule File Browser窗口 13选择PDB文件打开，即可将其导入VMD的图形窗口（注意路径只能为英文的，否则软件将无法识别）2单击Browse按钮，弹出的对话框路径默认为运行VMD的目录 打开VMD控制台窗口输入软件操作命令以银环蛇神经毒素为例简述软件的应用当导入Beta型蛇毒蛋白的两条链时有一个发现《银环蛇神经毒素的生物信息学研究》进一步的试验在PDB数据库下载烟碱样乙酰胆碱受体的PDB文件，并导入VMD没有得到预期的结果将两条链合并在一起研究图1 银环蛇神经毒素蛋白的两条链结合图像。蓝色为Alpha链，红色为Beta链。在右图中，合并后的蛋白与两条链的自然结合图像完全重合（见白色点状）。而如左图所示，在没有去掉水分子进行合并时，蛋白质结构发生了扭曲。运行NAMD进行分子动力学模拟计算打开存放控制文件的目录（否则运行时应指明控制文件的路径），输入命令“namd2 +p3 BGT_eq.conf BGT_eq.log” 即可运行分子动力学模拟并将运行过程输出到日志文件BGT_eq.log中保存 其中，“+p3”表示并行使用CPU的3个内核，可以根据具体需要设定 软件运行过程中，可通过资源管理器查看处理器和内存的使用情况 RMSD值即均方根偏差（Root Mean Square Deviation），反映的是数据偏离平均值的程度 在VMD控制台输入命令“source rmsd.tcl”后，在软件运行目录，得到rmsd.dat数据文件 将数据文件用Excel打开后，制作折线图便可看出RMSD值的变化情况 图2 由RMSD值探讨银环蛇神经毒素蛋白稳定性。横轴表示模拟运行的时间，纵轴表示所模拟蛋白的RMSD值变化。 在VirtualBox虚拟机软件搭建Ubuntu源码分析平台 /wiki/DownloadsUbuntu桌面gedit文件查看器NAMD源代码文件包图3 NAMD源代码基本构成（Ubuntu操作系统下显示） 编译NAMDtar xzf NAMD_2.9_Source.tar.gzcd NAMD_2.9_Sourcetar xf charm-6.4.0.tarcd charm-6.4.0./build charm++ multicore-linux64 --with-productioncd multicore-linux64/tests/charm++/megatestmake pgm./pgm +p4cd ../../../../.. 下载NAMD某些功能所要依赖的软件包（包括TCL脚本语言依赖的文件和描述力场的拓扑结构文件依赖的库FFTW） ./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch multicore-linux64make 编译结果打开Linux-x86_64-g++文件夹 图4 由NAMD源代码编译可执行程序。图中带有箭头的图标表示文件是链