06_蛋白质序列比对与分子进化分析_2014-1.pptxVIP

Chapter 6 Analysis of Sequence Alignment and Molecular Evolution of Proteins—— Part One利用网络数据库资源，将用户所测定的蛋白质序列与已知序列进行相似性比对，是推断该序列的结构、功能以及同源关系的强有力的手段。序列相似性比对包括全局序列比对（整体比对）与局部序列比对。由于局部序列相似性比对更能反映蛋白质片段序列在结构与功能上的同源关系，故更具有实际意义。序列相似性与序列同源性是两个不同的概念。序列相似性（similarity）是一量化参数，反映序列之间相似或相同的程度。也可用序列一致性（identity）来表示。序列同源性（homology）则是反映序列之间在进化上亲缘关系的远近。一般说来，序列相似性或一致性越大，则序列之间具有同源关系的可能性越大。6.1 局部序列相似性的两两比对局部序列相似性的两两比对就是将用户提交的一段蛋白质序列，与数据库中已知的蛋白质序列进行局部序列相似性比对，以确定二者在序列结构与功能上的同源关系。目前，进行局部序列相似性比对十分有用的网络工具软件是NCBI的BLAST服务程序和EBI的FASTA服务程序。由于二者的实际检索过程具有许多相似之处，故这里仅介绍BLAST服务程序。6.1.1 BLAST检索服务程序局部比对基本检索工具（Basic Local Align