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微卫星DNA在种下分化及近缘种的鉴定中的应用 农业昆虫与害虫防治DNA标记作为一种多态性和稳定性高、重复性好、呈共显性的分子遗传标记技术，DNA标记的基本原理和特点，: 微卫星DNA标记；多态性；分化；种群 早在1974 年，DNA 中发现了一类短串联重复序列TAGG。随后人们在人、动物和酵母的基因组中都发现了大量的简单重复序列，因为其比小卫星(10~25bp)短，每个重复单位仅1~6bp，重复数10~20次，是头尾相连的串联重复序列，故称微卫星(microsatellite)，DNA(Simple Sequence Repeat，SSR)A/T、C/G；四种二核苷酸重复AT/TA、AC/TG、AG/TC、CG/GC 以及三、四核苷酸重复类型等，但研究发现较多的为AC/TG，约占57%，其它类型较少。而且根据微卫星核心序列排列方式的不同，(perfect)，不完全(imperfect)和复合型(compound)微卫星。 20世纪七八十年代以来，伴随着分子生物学的飞速发展，DNA分子标记[1]。目前常用的DNA分子标记技术有限制性片段长度多态性( restriction fragment length polymorphism，RFLP) 、数量可变的串联重复序列(variable number of tandem repeat， VNTR) DNA ( random amp lified polymorphic DNA， RAPD) ( amp lified fragment length polymorphism， AFLP) (microsatellite marker) 、简单重复序列间扩增( inter-simple sequence repeat， ISSR)( single nucleotide polymorphysm， SNP) 。微卫星标记与其他分子标记相比，具有多态性和杂合度高、稳定性和重复性好、在不同种群中分布广、呈孟德尔共显性遗传等优点[2] ，， 微卫星DNA的结构和功能 微卫星DNA也称简单重复序列，由Miesfeld et al[3]于1981年首先从人类基因文库中发现。其核心结构是由2 - 10个核苷酸为重复单位串联组成的长达几十个核苷酸的序列，它在真核生物的基因组中广泛存在，并且具有较高的多态性[4] 。按照重复结构的不同，微卫星DNA可分为3种基本类型[5 ] : (1)完全重复型，如(CA) n; (2)不完全重复型，如(CA) n. CCA. (CA)m; (3)复合型，(CA) n ( TG)m。微卫星DNA在真核生物基因组中的分布比较均匀，10 kb DNA序列中出现1个微卫星序列[5-6] 。同时，DNA既可存在于基因组的非编码区中，[ 20-22 ] 。其具体功能还不是完全清楚，，，[7] 。此外，DNA还有可能参与染色体折叠，，，[8] 。而对于其来源，DNA重组过程中的不等价交换有关，DNA复制过程中的“滑链错配”( slipped-strand mispairing)有关[9] 。从进化角度看，，，，DNA的比重越大。如重复序列占噬菌体基因组的10% ，20% ，30% ，60% ，90%[9-10] 。 微卫星标记技术概况 微卫星(Microsatellites) ，又称简单序列重复(Simple sequence repeats ，SSRs) 、短串联重复( Short tandem repeats ，STRs) 、简单序列长度多态性(Simple sequence length polymorphism ，SSLP) ，(一般为1～6个) 为重复单位组成的简单的串联重复序列，，， 2.1　微卫星标记的基本原理 SSR标记由核心序列和两翼的保守序列组成，DNA 序列设计出互补的特定寡核苷酸引物，DNA 进行PCR 扩增，PCR扩增产物进行分离，DNA 的多态性，[31 - 32] 。 2.2　引物的筛选 根据微卫星两侧翼的保守序列可设计出一段互补序列的寡聚核苷酸引物。以往的方法是先构建DNA文库，，，，[11] 。近年来，，(如GenBank、EMBL)中的DNA序列和EST序列越来越多，SSR引物，[ 16，34 - 35 ] 。 2.3 微卫星的PCR扩增 进行SSR分析时，DNA，PCR扩增程序中，DNA来优化扩增条件，，PCR产物可通过琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测。 2.4　 微卫星标记的特点 微卫星标记具有以下特点。(1)微卫星DNA在真核生物中广泛存在。(2)通常呈孟德尔式遗传，，[3 – 4，8，10 - 12] 。(3)DNA用量少，，[13] 。(4)从一个物种中获得的微卫星引物在近缘种中具有一定的通用性，，(5)微卫