M16 家族金属肽酶序列分析.pptxVIP

M16 家族金属肽酶序列分析 生物信息学报告 生计1201 解昊明 学号：0306120227 选定基因 1 Tips rhodanese-like domain protein 硫氰酸酶结构域蛋白 AFE2558, AFE2364,AFE1502, AFE0529 and AFE0151 选定基因 MDRYGPLLLFPPDMTRAVEPLCTTLDNGVTVISERLPGRRSVAL SLTVGNGSRDQAPDENGFAHLLEHMLFKGSTERDGDALNAAMESLGGTINAFTDRESTVFHGTVLAEDAADAFTLLAELLTKPRFDHADLRLEKRVVAQEAAMAAEDVEDWAQERALAEIWGPHPLAWPVLGNAQCIRSASRKRLQAYHQRILAESPLIVTAVGEVEHGVLCAWAEAAFGGPHGGARTAVPAPRFHGGQKRLRRAQAQQAHLIWMAPGCSVAAEDYLAHVVANAILGGGTASYLFRELREKRGLAYQVFSHLDPLRDCGEWTLYAATPGAQHVQAVAAMAEVLATLLEHGPTAADMIWAKRSLRIQLLLGQEDAEIRMSRLTRQWLYLGRLVPAEESLRTLAAVDADAVLRVLRKAWTERFELICLPARR 1 背景调查 2 背景调查 2 肽酶 是一种能够水解肽链的酶。 他们是所有生物存活所必需的一种酶，而且在所有蛋白质的编码中，编码肽酶的基因占了2%。 在对500个人的肽酶的调查中发 现，有14%的的肽酶可以作为药物的靶点（Southan，2001）。 肽酶在许多生物过程中扮演重要的角色，包括消化食物蛋白、胞内蛋白循环、凝血级联系统、抗原提呈作用及活化各种蛋白质，包括酶、肽类激素及神经递质等。 金属肽酶 活性依赖一种或多种金属离子，催化肽类和蛋白质中肽键水解的一类蛋白酶 同源搜索 3 数据库信息 同源搜索 3 名称 描述 分子类型 序列长度 同源搜索 3 保守域：特殊片段，非特殊片段，超家族，多结构域 同源搜索 3 颜色比例尺，代表hit的得分（score）区间。 输入序列的坐标 每一条线段代表一个hit，显示在消息框，在线段上点击，会链接到该hit详细的比对信息部分。 同源搜索 3 比对序列的名称得分等信息。 比对序列的显示，可清楚看出哪些序列比对上了，哪些序列是不一样的。 同源搜索 3 多重序列比对 4 多重序列比对 4 多重序列比对 4 一共五个序列，快速的进行序列两两对比，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵，邻接法构建一个引导树，根据引导树，渐进比对多个序列，最后可判断出序列的相似性和同源性。 系统发生分析 5 两条序列之间的线段长度之和便为两个序列之间的距离，由此可判断出序列之间的亲疏关系。 二级结构预测 6 输入文本框 二级结构预测 6 展示了每一个氨基酸的坐标和结构，粉红色代表螺旋，黄色代表折叠，白色代表线性。 二级结构预测 6 信号肽分析 输入文本框 7 信号肽分析 C-score（剪切位置分值）：通常信号肽剪切位置+1（就是成熟肽的第一个残基）有个高的分值而其他位置有低的分值。 S-score（信号肽分值）：剪切位置前的信号肽有高的分值，而非信号肽有低的分值。 Y-score：是综合考虑c和s-score的一个参数。 S-mean是从N端氨基酸开始到剪切位点处各氨基酸的平均S值。 D值是S-mean和Y-max的平均值，对区分是否为分泌蛋白具有重要作用。 7 跨膜区分析 输入文本框 8 跨膜区分析 横坐标是指氨基酸的位置，纵坐标指每一个氨基酸可能跨膜的概率，红线、蓝线、粉红线分别指氨基酸跨膜、膜内、膜外的概率。 由图可知，几乎每一个氨基酸都有近乎100%的概率处于膜外，结论显示为outside 1 424，该蛋白为膜外蛋白。 8 同源分子结构信息 9 同源分子结构信息 9 Rast 一个快速注释宏基因组样品的网页服务器。它可以分析序列片段的注释，他们的系统分类和初步的构建代谢途径。它也可以用来比较宏基因组数据的分类和初步代谢途径的构建 Kaas 基于 基因数据库， 化学分子物质数据库，以及基于基因和化学分子物质相互关系而建立起来的代谢路径数据库的快速检索工具 对新菌种开展研究 Thats all ~thank you 生物信息学报告 生计1201 解昊明 学号：0306120227