基因芯片数据简介学案.ppt

在一组差异表达基因中寻找富集的生物功能 Over-representation analysis (ORA) Over representation analysis (ORA) in set else total differential n11 n12 n1+ else n21 n22 n2+ total n+1 n+2 n By Fisher’s exact test / chi-square test 例子 In set else Total Differential 40 960 1000 Else 160 8840 9000 total 200 9800 10000 P-value from Fisher’s Exact test: 2.085e-5 具体流程 GO/pathway 差异表达基因 背景基因 相同的基因ID类型 2x2列联表 计算显著性 DAVID的使用 开始分析 / DAVID的使用 选中Upload栏 输入基因列表 选择基因列表的ID类型