微生物专题1.pptx

微生物专题上海翰宇生物项目类型测序平台翰宇经验单体微生物基因组1.1Denovo1.2重测序分子生态宏基因组单体微生物基因组分子生态宏基因组项目类型单体微生物基因组Denovo：从头测序，不需要任何基因序列信息即可对某个物种进行测序，利用生物信息学分析方法对序列进行拼接组装，获得该物种的基因组序列图谱。重测序:对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，在此基础上对个体或群体进行差异分析，通过序列比对，检测单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel，Insertion/Deletion）、结构变异位点（SV，StructureVariation）等。区别：有无参考基因组，是否拼装。单体微生物基因组Denovo技术路线基因组denovo分析标准分析1、数据产出、统计2、基因组序列拼装3、基因预测和功能注释4、COG分类5、代谢通路构建6、tRNA、rRNA预测高级分析7、基因组岛预测（完成图）8、蛋白亚细胞定位9、比较基因组学分析10、次生代谢基因簇分析（完成图）11、基因组圈图绘制（完成图）12、进化树构建13、数据提交14、定制分析分析示例-COGCOG分类横坐标的不同字母代表不同颜色的功能分类纵坐标代表每个功能分类中预测基因的数目分析示例-KEGGKEGGpathway分类横坐标代表参与的代谢通路名称纵坐标代表每类代谢通路中的预测基因数目Denovo分析示例-p