序列软件Sequenceanalysissoftwares分析.ppt

安徽大学生命科学学院 生物信息学 序列分析及应用软件 Sequence analysis software 核酸序列分析和应用软件 软件名称 下载网址 软件用途 Gene Construction Kit 核酸序列分析 Primer Premier 引物设计 GCG软件包 序列分析(Unix工作站) Dnassist 核酸序列分析 DNASTAR lasergene http://www.DNA 序列分析 BioEdit /BioEdit/bioedit.html 综合序列分析 pDRAW32 质粒图谱绘制 Vector NTI 序列分析与质粒编辑 RNAdraw RNA分析 RNA structure http://RNA. RNA分析 BioEdit BioEdit是基于视窗操作平台、免费的综合序列分析软件 /BioEdit/bioedit.html 功能：序列编辑、比对、酶切图谱分析、质粒图绘制、RNA分析、寻找特征序列等，功能全面，界面友好 为克隆、PCR、测序等分子生物学实验的有力的辅助工具 BioEdit 简单核酸序列分析 序列组分分析 序列翻译 ORF查寻 限制酶切图谱 以绿色荧光蛋白表达质粒(eGFP)序列为例演示，序列文件“eGFP.fasta” BioEdit 功能菜单 “Sequence”? “Nucleic Acid” 序列组分分析 序列翻译 ORF查寻 限制酶切图谱 BioEdit 序列组分分析结果 BioEdit 开放阅读框架查找结果 （frame +1） BioEdit可对6种可能的ORF进行分析，并给出预测报告，但究竟真实的蛋白编码区起止位置，需要结合额外的信息才能确定。 通过蛋白Blast确定的编码区 BioEdit 酶切图谱分析 限制性酶切图谱分析对分子克隆操作是必不可少的环节。 BioEdit 酶切图谱分析 用于克隆操作的MCS酶切位点不会出现在编码区内 多克隆位点MCS BioEdit 绘制质粒图 “Sequence”?“Nucleic acid”?“create plasmid from sequence” 如：lacZ coding region 469?148 箭头表示表达方向 编辑特征名、起始位置及图形特征 BioEdit 绘制质粒图 “vector”?“restriction sites”编辑限制酶切位点 lacZ： 469?148 Ori: 1455?867 Amp R: 2486?1626 MCS: 396?452 BioEdit 分析测序报告 读入ABI测序文件，并自动生成相应序列 BioEdit 序列比对 成对比对： “Sequence”?“Pairwise alignment” BioEdit 序列比对 成对比对： “Sequence”?“Pairwise alignment” BioEdit 序列比对 多重比对： “Accessory application”?“clustalW multiple alignment” 安徽大学生命科学学院